Assembly of the giant genome of the noble crayfish and genome evolution of Decapoda
Assemblage du génome géant de l’écrevisse noble et évolution des génomes de décapodes
Génomique de la conservation
Écosystèmes d'eau douce
Éléments répétés
Génomique comparative
Conservation genomics
Freshwater ecosystems
Repetitive elements
Comparative genomics
572.8
577.6
595.384
Écrevisses
Conservation des ressources
Génome
Écologie d'eau douce
Les écrevisses sont des crustacés décapodes jouant un rôle déterminant dans les écosystèmes d’eau douce mais beaucoup d’espèces européennes, en particulier l’écrevisse noble Astacus astacus, sont menacées par la peste de l’écrevisse. J’ai relevé le défi de l’assemblage du génome géant d’A. astacus (17 Gb) et obtenu un génome préliminaire de 21,8 Gb. Ce premier génome d’écrevisse européenne est l’un des plus grands génomes d’invertébrés disponibles. J’ai également exploré l’évolution des génomes de décapodes. J’ai pu montrer la contribution centrale des éléments répétés à l’expansion et la diversification des génomes de décapodes. La comparaison des protéomes a mis en évidence un core-proteome de 7 000 protéines et la diversité des histoires évolutives de leurs gènes. Mes travaux ouvrent la voie au séquençage et à la comparaison de nouveaux génomes d’écrevisses pour identifier des marqueurs de résistance à la peste et soutenir des stratégies de réintroduction et d’aquaculture durable.
Crayfish are decapod crustaceans that play a decisive role in freshwater ecosystems, but many European species, particularly the noble crayfish Astacus astacus, are threatened by the crayfish plague. I took on the challenge of assembling the giant A. astacus genome (17 Gb) and obtained a preliminary genome of 21.8 Gb. This first European crayfish genome is one of the largest invertebrate genomes available. I also explored the evolution of decapod genomes. I was able to show the central contribution of repeated elements to the expansion and diversification of decapod genomes. A comparison of proteomes revealed a core-proteome of 7,000 proteins and the diversity of the evolutionary histories of their genes. My work paves the way for the sequencing and comparison of new crayfish genomes to identify markers of resistance to the plague and support strategies for reintroduction and sustainable aquaculture.
Electronic Thesis or Dissertation
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11221867
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https://theses.hal.science/tel-05443851
https://theses.hal.science/tel-05443851
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Rutz
Christelle
1996-08-10
FR
258072202
1507003383F
21404963
4200047
https://theses.fr/2024STRAJ077
2024STRAJ077
https://doi.org/10.70675/ad59c5d2za34dz4ebbzacf4za6e6cc17772b
2024-12-18
Génétique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
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École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
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Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
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