Note ABES Deciphering the roles of the CCR4A and CCR4B deadenylases in the modulation of mRNA deadenylation and its interplay with uridylation in Arabidopsis thaliana Rôles des déadénylases CCR4a et CCR4b dans la modulation de la déadénylation de l'ARNm et son interaction avec l'uridylation chez Arabidopsis thaliana Déadénylation Uridylation Dégradation des ARNm Séquençage nanopore Arabidopsis Deadenylation Uridylation RNA decay Nanopore sequencing Arabidopsis 581.3 ARN messagers Détérioration Plantes -- Expression génique ARN messagers Métabolisme -- Génétique Arabidopsis La déadénylation raccourcit la queue poly(A), tandis que l'uridylation ajoute des uridines en 3' et favorise la dégradation des ARNm déadénylés. Chez Arabidopsis, l'uridylation prévient une déadénylation excessive. Ces mécanismes soulignent une régulation complexe et essentielle du métabolisme des ARNm. Mes travaux de thèse ont précisé les relations moléculaires régissant la déadénylation des ARNm par le complexe CCR4-NOT et leur uridylation par la TUTase URT1. L’analyse des ARNm de plantes KO ccr4a ccr4b a révélé le rôle crucial des déadénylases CCR4-NOT dans le façonnage des queues poly(A), vraisemblablement impliqué lors de la réponse immunitaire et la germination du tube pollinique. L’activité de CCR4-NOT influence le profil d’uridylation des ARNm par URT1, car la diminution de la déadénylation allonge les queues poly(A) uridylées. Inversement, le niveau d’uridylation par URT1 modifie l’ampleur de la déadénylation. Enfin, j'ai identifié l'interaction d'URT1 avec EXA1, une protéine partenaire de CCR4-NOT. Ces résultats précisent les liens entre ces acteurs de la dégradation des ARNm, soulignant leur rôle conjoint dans la définition de l'extrémité 3' des ARNm. Deadenylation shortens the poly(A) tail, while uridylation adds uridines at the 3' end and promotes the degradation of deadenylated mRNAs. In Arabidopsis, uridylation prevents excessive deadenylation, demonstrating coordination between the two to regulate mRNA metabolism. My PhD research characaterised the molecular relationships governing mRNA deadenylation by the CCR4-NOT complex and subsequent uridylation by the TUTase URT1. Analysis of mRNAs from ccr4a ccr4b knockout plants revealed the crucial role of CCR4-NOT deadenylases in the precise shaping of the poly(A) tails, likely essential during immune response and pollen tube germination. The activity of CCR4-NOT actively defines the uridylation profile of mRNAs by URT1, as reduced deadenylation leads to an elongation of uridylated poly(A) tails. Conversely, the level of uridylation by URT1 directly influences the extent of deadenylation by CCR4-NOT. Finally, I identified the interaction of URT1 with EXA1, a CCR4-NOT partner protein. These results clarify the links between these mRNA degradation factors, highlighting their coordinated roles in defining the 3' end of mRNAs. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 17240597 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2024/SIMONNOT_Quentin_2024_ED414.pdf http://www.theses.fr/2024STRAJ101/abes https://theses.hal.science/tel-05021377 https://theses.hal.science/tel-05021377 https://theses.hal.science/tel-05021377 Simonnot Quentin 1997-01-12 FR 284003239 2308004492K 21808389 4200047 https://theses.fr/2024STRAJ101 2024STRAJ101 https://doi.org/10.70675/f41ea7e3za009z4888zbf08ze75c8e66d70e 2024-04-05 Aspects moléculaire et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Gagliardi Dominique MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 129248444 Meignin Carine MADS_PRESIDENT_DU_JURY 238184706 Ameres Stefan L. MADS_RAPPORTEUR_1 284005533 Deragon Jean-Marc MADS_RAPPORTEUR_2 139510281 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 156775727 444 ddc:580 Gagliardi Dominique Meignin Carine Ameres Stefan L. Deragon Jean-Marc École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg) PDF 17240597