Vers des protocoles innovants en pontage chimique suivi par spectrométrie de masse (XL-MS) pour l’étude des interactions protéiques in-vitro et in-situ
Towards innovative cross-linking mass spectrometry (XL-MS) workflows to decipher protein-protein interactions in vitro and in situ
Spectrométrie de masse structurale
Pontage chimique suivi par spectrométrie de masse
Complexes multi-protéiques
Interactomique
Biologie structurale
Structural mass spectrometry
Cross-linking mass spectrometry
Multi-protein complexes
Interactomics
Structural biology
543
Chimie analytique
Spectrométrie de masse
Cette thèse présente des développements méthodologiques en pontage chimique couplé à la spectrométrie de masse (XL-MS) pour l’étude des interactions protéines-protéines. Une approche innovante de photométrie de masse dénaturante a d’abord été mise au point pour suivre les réactions de pontage. L’automatisation de la préparation des échantillons et l’usage du réactif enrichissable PhoX ont ensuite permis l’analyse de conformations peu abondantes. Une méthode de fractionnement en phase gazeuse basée sur la mobilité ionique FAIMS a été développée, atteignant des performances proches de l’enrichissement en solution. Ces différentes avancées ont été appliquées à l’étude structurale des complexes RuvBL1-RuvBL2 (R1R2) dans un cadre collaboratif international incluant R1R2-SPAG1-PIH1D2, R1R2-SHQ1-DKC1 et R1R2-NONO. Enfin, l’application du XL-MS a été étendue aux protéomes entiers et in-vivo grâce au développement d’un fractionnement automatisé en solution et l’extension de notre approche FAIMS.
This thesis presents methodological developments in chemical cross-linking coupled to massspectrometry (XL-MS) for the study of protein-protein interactions. An innovative denaturing massphotometry approach was first developed to monitor cross-linking reactions. Automation of samplepreparation and the use of the enrichable cross-linker PhoX then enabled the analysis of lowabundanceprotein conformations. A gas-phase fractionation method based on FAIMS ion mobilitywas developed, achieving performance levels comparable to solution-based enrichment. Theseadvancements were applied to the structural study of RuvBL1-RuvBL2 (R1R2) complexes within aninternational collaborative framework, including R1R2-SPAG1-PIH1D2, R1R2-SHQ1–DKC1, andR1R2-NONO. Finally, XL-MS applications were extended to whole-proteomes and in-vivo studiesthrough the development of automated solution-phase fractionation and the expansion of our FAIMSbasedworkflow.
Electronic Thesis or Dissertation
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705524921
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2025/Gizardin_Fredon_Hugo_2025_ED222.pdf
http://www.theses.fr/2025STRAF012/abes
Gizardin-Fredon
Hugo
1997-06-19
FR
284867403
2208008810B
22009511
4200003
https://theses.fr/2025STRAF012
2025STRAF012
https://doi.org/10.70675/af4b3a23z4bb4z4287z9254zcff3afcbdad6
2025-07-10
Chimie analytique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Cianférani-Sanglier
Sarah
MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1
070341222
Chamot-Rooke
Julia
MADS_PRESIDENT_DU_JURY
119949687
Schmidt
Carla
MADS_MEMBRE_DU_JURY_1
286828243
Albanese
Pascal
MADS_MEMBRE_DU_JURY_2
286828561
Chamot-Rooke
Julia
MADS_RAPPORTEUR_1
119949687
Scheltema
Richard Alexander
MADS_RAPPORTEUR_2
281596034
École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
MADS_ECOLE_DOCTORALE_1
222
156504081
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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Cianférani-Sanglier
Sarah
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Richard Alexander
École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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705524921
confidentialité 2025-07-10 2026-07-10
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