Développement et mise en oeuvre d’un outil de concentration et de quantification de SARS-CoV-2 dans les eaux usées de stations d’épuration
Development and implementation of a tool for the concentration and quantification of SARS-CoV-2 in wastewater treatment plant influents
Épidémiologie environnementale
SARS-CoV-2
Ultrafiltration sur membrane
Séquençage
Comportement des virus
Paramètres physico-chimiques des eaux usées
Environmental epidemiology
SARS-CoV-2
Membrane ultrafiltration
Sequencing
Viral behavior
Physicochemical parameters of wastewater
572
660
SARS-CoV-2 (virus)
Épidémiologie
Ultrafiltration
Séquençage de l'ARN
Virus
Ce manuscrit présente les travaux réalisés pour développer et optimiser une méthode de concentration virale par ultrafiltration sur membrane, adaptée au traitement de grands volumes d’eaux usées, en réponse aux besoin croissant de l’épidémiologie basée sur les eaux usées. Dans un premier temps, la méthode a été évaluée en termes d’efficacité d’enrichissement, de sensibilité, de répétabilité et de compatibilité avec le séquençage. Elle a permis une quantification fiable et sensible par RT-qPCR et RT-dPCR, ainsi qu’un séquençage de haute qualité du génome complet du SARS-CoV-2, avec une couverture dépassant 90 %. Les rendements de concentration varient selon les échantillons et le type de virus analysé. Une étude complémentaire a donc été menée afin d’optimiser cette méthode en explorant le comportement des virus dans les eaux usées, notamment leur distribution entre les fractions solide et liquide ainsi que l’influence des paramètres physico-chimiques sur les rendements de concentration.
This manuscript presents the work conducted to develop and optimize a membrane-based ultrafiltration method for concentrating viruses from large volumes of wastewater, addressing the growing needs of wastewater-based epidemiology. The method was first evaluated for its enrichment efficiency, sensitivity, repeatability and suitability for sequencing. In enabled reliable quantification by RT-qPCR and RT-dPCR, as well as high-quality whole genome sequencing of SARS-CoV-2 with coverage exceeding 90%. Concentration yields varied depending on the sample and the virus type. Therefore, an additional study was carried out to optimize the method by investigating the behavior of viruses in wastewater, including their distribution between solid and liquid fractions, and the influence of physicochemical parameters on concentration efficiency.
Electronic Thesis or Dissertation
Text
fr
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6071063
https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2025/El_Soufi_Ghina_2025_ED222.pdf
http://www.theses.fr/2025STRAF020/abes
https://theses.hal.science/tel-05441630
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https://theses.hal.science/tel-05441630
El Soufi
Ghina
1998-03-15
FR
291720552
193816010HJ
22127267
4200014
https://theses.fr/2025STRAF020
2025STRAF020
https://doi.org/10.70675/b269424cz245fz47dfz9569z635bd8695280
2025-07-04
Génie des procédés, chimie bioogique
Strasbourg
131056549
Doctorat
Docteur es
non
oui
Villain
Maud
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6200
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Rohr
Olivier
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Roques
Pierre
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Burvingt
Florence
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Clémentine
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Roques
Pierre
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Dagot
Christophe
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École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
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Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
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