Note ABES CRISPR screens to uncover regulators of genomic imprinting Identification par criblage CRISPR de nouveaux facteurs de régulation de l’expression des gènes soumis à l'empreinte génomique parentale Gènes à empreinte parentale Criblage CRISPR Peg3 Méthylation de l’ADN Fibroblastes primaires murins Protéines à doigts de Zinc KRAB Genomic imprinting CRISPR screen Peg3 DNA methylation Primary mouse embryonic fibroblasts KRAB zinc finger proteins 572.8 Expression génique ADN Méthylation Régulation génétique Une centaine de gènes dans le génome humain et murin sont exprimés mono-alléliquement selon leur origine parentale. Ce phénomène biologique, appelé empreinte génomique, est basé sur la méthylation différentielle de la cytosine des séquences d’ADN régulatrices, selon le sexe. Les gènes à empreinte sont impliqués dans une variété de processus biologiques, allant du développement au métabolisme. Bien que la régulation des gènes à empreinte ait suscité un grand intérêt, le mécanisme de répression de l’allèle méthylé reste à peine connu. Une protéine de chromatine connue sous le nom de TRIM28, a été montrée pour réguler l’expression imprimée dans l’embryon de souris. Cependant, on ne comprend pas comment TRIM28 qui n’a pas de domaine de liaison à l’ADN réprime spécifiquement l’allèle méthylé. Mon projet de doctorat vise à découvrir de nouveaux régulateurs trans-actifs de l’expression mono-allélique des gènes à empreinte parentale. À cette fin, j’ai optimisé et effectué différents criblages CRISPR ciblés à l’échelle du génome dans un format « pool » dans des fibroblastes embryonnaires primaires de souris en utilisant un nouvel allèle reporter du gène endogène Peg3 méthylé sur l’allèle maternel. La stratégie de criblage combinée et ciblée a mis en évidence le rôle d’un nouveau facteur qui recrute TRIM28 et appartient à la grande famille des protéines du domaine à doigts de zinc KRAB. Le facteur de transcription découvert non seulement régule l’expression de plusieurs gènes à empreinte, mais est également requis pour l’état transcriptionnel de la cellule au niveau mondial. About one hundred genes in the human and mouse genomes are mono-allelically expressed upon their parent-of-origin. This biological phenomenon, called genomic imprinting, is based on sex-specific differential cytosine methylation of regulatory DNA sequences. Imprinted genes are involved in a variety of biological processes, ranging from development to metabolism. Although imprinted gene regulation has arisen a great interest, the mechanism of silencing of the methylated allele remains scarcely known. A chromatin protein known as TRIM28, has been shown to regulate imprinted expression in the mouse embryo. However, it is not understood how TRIM28 which lacks a DNA binding domain specifically silences the methylated allele. My PhD project aims at discovering new trans-acting regulators of the mono-allelic expression of imprinted genes. To this end, I optimized and performed different genome wide and targeted CRISPR screens in a pool format in primary mouse embryonic fibroblasts using a new reporter allele of the endogenous maternally imprinted gene Peg3. The combined and targeted screen strategy highlighted the role of a new factor that recruits TRIM28 and belongs to the large family of KRAB zinc finger domain proteins. The transcription factor uncovered not only regulates the expression of several imprinted genes but is also required for the transcriptional state of the cell on a global level. Electronic Thesis or Dissertation Text en PDF 5720240 http://www.theses.fr/2025STRAJ034/document http://www.theses.fr/2025STRAJ034/abes Kunin Katell 1993-06-18 FR 290433142 1404041212C 21605951 4200047 https://theses.fr/2025STRAJ034 2025STRAJ034 https://doi.org/10.70675/2897b4f0zb632z4dfaza80ez4079e1754ec6 2025-09-12 Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Weber Michaël MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 078857430 Boulard Matthieu MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_2 125306989 Reina-San-Martin Bernardo MADS_PRESIDENT_DU_JURY 158368010 Borensztein Maud MADS_RAPPORTEUR_1 149765800 Defossez Pierre-Antoine MADS_RAPPORTEUR_2 118662406 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg ; 2011-....) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157715205 207563 ddc:570 Weber Michaël Boulard Matthieu Reina-San-Martin Bernardo Borensztein Maud Defossez Pierre-Antoine École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Biotechnologie et signalisation cellulaire (Strasbourg ; 2011-....) PDF 5720240 confidentialité 2025-09-12 2030-09-30 confidentialité 2025-09-12 2030-09-30 confidentialité 2025-09-12 2030-09-30 confidentialité 2025-09-12 2030-09-30