Genome characterisation of European freshwater crayfish
Caractérisation du génome des écrevisses d'eau douce européennes
Écrevisses d'eau douce
Éléments répétés
Génomique
Diversité génétique
Freshwater crayfish
Repetitive elements
Genomics
Genetic diversity
577.6
572.8
595.384
Écrevisses
Conservation des ressources
Génome
Écologie d'eau douce
Les écrevisses d'eau douce constituent un groupe de crustacés décapodes important sur le plan écologique, dont de nombreuses espèces sont menacées. Leur conservation est essentielle pour limiter la perte de biodiversité. Les ressources génomiques sont cependant limitées du fait de leurs très grands génomes riches en répétitions. Dans cette étude, je réponds à ce manque de données génomique en caractérisant le génome des familles d'écrevisses d'eau douce. J'ai identifié une grande proportion d'éléments transposables et d'ADN satellite, avec une teneur en ADN satellite élevée chez les espèces à grands génomes. Je propose une procédure optimisée de séquençage à lecture longue qui produit des données de haute qualité, adaptées à l'assemblage de novo, et réduit les difficultés liées au séquençage de génomes complexes. Enfin, j'ai appliqué les données génomiques à la conservation de l’espèce menacée Austropotamobius bihariensis, soulignant la nécessité de préserver sa singularité génétique.
Freshwater crayfish are ecologically important decapod crustaceans with many species threatened worldwide. Their conservation is critical to mitigate biodiversity loss, however, genomic resources are limited due to their large, repeat-rich genomes. In this study I address this gap by characterising genome composition across freshwater crayfish families. I identified a high proportion of transposable elements and satellite DNA, with high satellite DNA content in species with large genomes. I propose an optimised long-read sequencing workflow that produces high-quality data suitable for de novo assembly and reduces challenges associated with sequencing complex genomes. Finally, I applied genomic data to the conservation of the endangered Austropotamobius bihariensis highlighting the need to preserve genetic uniqueness.
Electronic Thesis or Dissertation
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6946220
http://www.theses.fr/2025STRAJ099/document
http://www.theses.fr/2025STRAJ098/abes
Bonassin
Lena
1996-09-14
FR
263890821
213230773FK
22127159
4200047
https://theses.fr/2025STRAJ098
2025STRAJ098
https://doi.org/10.70675/4cde1ad8z07a8z4211za288z2e8f1e01c242
2025-11-19
Sciences de la vie et de la santé
Strasbourg
131056549
Rheinland-Pfälzische Technische Universität Kaiserslautern-Landau
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275267024
Doctorat
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École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
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