Note ABES Analyse structurelle et fonctionnelle de la région génomique de vitis rotundifolia contenant le gène Rpv2 de résistance au mildiou de la vigne Structural and functional analyses of the Vitis rotundifolia genomic region containing Rpv2, a resistance gene to downy mildew Rpv2 Résistance totale Vigne Mildiou Avirulence TIR-NBS-LRR Rpv2 Total resistance Grapevine Downy mildew Avirulence TIR-NBS-LRR 581.3 579 Vigne Résistance aux maladies Plasmopara viticola Lutte contre Mildiou de la vigne Génétique Plasmopara viticola, oomycète responsable du mildiou de la vigne entraîne des pertes considérables pour la viticulture. Actuellement, la lutte contre cet agent pathogène repose sur les produits phytosanitaires, qui présentent des impacts négatifs sur la santé et l’environnement. Une stratégie alternative est la création variétale, qui consiste à introgresser des facteurs de résistance issus d’espèces américaines ou asiatiques dans des variétés européennes sensibles (Vitis vinifera). V. rotundifolia, une espèce de vigne américaine, est totalement résistante au mildiou grâce, entre autres, au locus Rpv2, localisé sur le chromosome 18, qui induit la résistance aux premiers stades de développement de P. viticola. Grâce à l’analyse d’individus recombinants, nous avons réduit la taille de la région génomique contenant Rpv2. Ensuite, l’annotation fonctionnelle des gènes de cette région, combinée à des analyses d'expression génique et de génomique comparative a permis d’identifier deux gènes candidats appartenant à la famille des TIR-NBS-LRR (TNL). Les protéines TNL activent les mécanismes de défense de la plante au contact d’un facteur moléculaire de l’agent pathogène, appelé Avr. Nous avons débuté les démarches d’identification d’AvrRpv2 utilisant une stratégie d’effectoromique, avec sélection d’effecteurs candidats sur la base de leur cinétique d’expression et de leur prédiction structurelle d’interaction avec les TNL. Même si la nature d’AvrRpv2 reste à élucider, nos travaux ont permis d’identifier trois effecteurs de P. viticola capables d’induire la mort cellulaire à différents niveaux. Plasmopara viticola, the oomycete responsible for grapevine downy mildew, causes considerable losses in viticulture. Currently, control of this pathogen relies on phytochemicals, which have detrimental effects on health and the environment. An alternative strategy is plant breeding, which involves introducing resistance factors from American and Asian species into susceptible European varieties (Vitis vinifera). V. rotundifolia, an American grapevine species, is totally resistant to downy mildew due, in part, to the Rpv2 locus, located on chromosome 18, which induces resistance at the early developmental stages of P. viticola. Using recombinant individuals, we reduced the size of the genomic region containing Rpv2. Next, functional annotation of the genes at the Rpv2 locus, combined with gene expression and comparative genomics analyses, enabled us to identify two candidate genes belonging to the TIR-NBS-LRR (TNL) family. TNL proteins activate plant defense mechanisms when they interact with a molecular factor of the pathogen, known as Avr. We began the process of identifying AvrRpv2 using an effectoromics strategy, with a selection of candidate effectors based on the kinetics of expression as well as on the structural prediction of their interactions with the TNLs. Although the nature of AvrRpv2 remains elusive, our work enabled the identification of three effectors capable of inducing cell death at different levels. Electronic Thesis or Dissertation Text fr PDF 52267116 https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2025/MARSAN_Laurie_2025_ED414.pdf https://theses.fr/2025STRAJ123/abes https://theses.hal.science/tel-05574482 https://theses.hal.science/tel-05574482 https://theses.hal.science/tel-05574482 Marsan Laurie 1997-03-23 FR 295641851 8012062897U 21912284 4200047 https://theses.fr/2025STRAJ123 2025STRAJ123 https://doi.org/10.70675/5b88f224zf37dz4403z854az6225370dacfb 2025-03-07 Sciences de la vie et de la santé Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Mestre Pere MADS_DIRECTEUR_DE_THESE_1 23040944X Lemaire Olivier MADS_PRESIDENT_DU_JURY 235065412 Rustenholz Camille MADS_MEMBRE_DU_JURY_1 156643464 Duplessis Sébastien MADS_MEMBRE_DU_JURY_2 144092948 Faivre Rampant Patricia MADS_RAPPORTEUR_1 110055152 Fudal Isabelle MADS_RAPPORTEUR_2 080570232 École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) MADS_ECOLE_DOCTORALE_1 414 156502844 Santé de la vigne et qualité du vin (Strasbourg) MADS_PARTENAIRE_DE_RECHERCHE_1 157676447 1002431 ddc:580 ddc:570 Mestre Pere Lemaire Olivier Rustenholz Camille Duplessis Sébastien Faivre Rampant Patricia Fudal Isabelle École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) Santé de la vigne et qualité du vin (Strasbourg) PDF 52267116