Analyse du core-TFIIH par des approches expérimentales, bioinformatiques et de génomiques comparatives
Langue Français
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Auteur : Bedez, Florence
Date de soutenance : 30-10-2009

Directeur(s) de thèse : Moras, Dino

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : TFIIH , bioinformatique , génomique comparative , ubiquitination , profil phylogénétique , purification d'affinité en tandem , p62 , p34
Mots-clés :
  • Facteurs de transcription - Thèses et écrits académiques
  • Transcription génétique - Thèses et écrits académiques
  • Interactions protéine-protéine - Thèses et écrits académiques
Résumé : Le facteur TFIIH est impliqué dans le cycle cellulaire, la réparation de l'ADN et la transcription. Il s'organise en 2 sous complexes, le CAK et le core. Au cours de l'élongation de la transcription, il phosphoryle notamment le domaine C-terminal de la POLII sur la sérine 5 et 7 permettant le recrutement des protéines impliquées dans la maturation des ARNm et des snRNA. Au cours de ce travail; nous avons mené des études expérimentales afin d'identifier les partenaires du core et de cartographier les interactions protéiques au sein du core. La purification du core endogène a nécessité la mise en place de la méthodologie TAP-TAG et indiquent des résultats prometteurs. Les études d'interaction mettent en évidence le rôle du C-terminal de p34 dans l'intégrité du core. L'étude bioonformatique a consisté à établir le bilan présence absence des sous unités du core chez 65 eucaryotes ainsi que les alignements de séquences complètes (MACS) pour chaque sous unité. Les résultats montrent une conservation du core chez les eucaryotes à l'exception de certains protistes. Les MACS révèlent la perte du domaine PH de p62 chez E.histolytica, et une forte divergence des séquences p34 chez les Euglenozoae. Afin de proposer un rôle biologique pour p62 et p34, nous avons choisi la méthode des profils phylogénétiques. Pour p62, les résultats suggèrent un lien fonctionnel entre le domaine PH et l'activation transcriptionnelle via la modification des histones par Bre1 et Set1. Pour p34, un tiers des protéines présentant un profil similaire à p34 sont impliquées dans l'épissage et l'addition de la coiffe suggérant un lien fonctionnel entre le core et la maturation des ARNm.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-284205
Type de ressource : Thèse