Développement et applications d'une approche bioinformatique intégrative d'analyse de promoteurs
Langue Anglais
Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.
Auteur : Lardenois, Aurélie
Date de soutenance : 01-12-2006
Directeur(s) de thèse : Poch, Olivier
Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie
Mots-clés libres : analyse de promoteurs à haut-débit , conservation des regions promotrices chez les mammifères , PromAn , GOAnno
Mots-clés :
- Bioinformatique
- Thèses et écrits académiques
- Promoteurs (génétique)
- Thèses et écrits académiques
Résumé : L'accumulation exponentielle de données expérimentales générées par les technologies à haut débit a considérablement favorisé l'analyse bioinformatique des séquences promotrices. A ce jour, des approches bioinformatiques ont été utilisées par les biologistes afin de faciliter l'identification des motifs de régulation dans les régions promotrices avant d'entreprendre des caractérisations biochimiques onéreuses en temps. Cependant, l'émergence d'une quantité colossale de données expérimentales, de programmes de prédiction et de méthodes complémentaires souligne l'absolue nécessité de développer des approches intégratives afin d'améliorer l'analyse des promoteurs assistée par ordinateur.Dans ce contexte, nous avons développé PromAn, un outil polyvalent et intégratif qui offr un panel de modules couvrant une grande partie des approches utilisées dans le domaine de l'analyse des promoteurs. Le programme ne requiert aucune connaissance préalable sur la séquence génomique à étudier et inclut une évaluation de la conservation au cours de l'évolution des régions promotrices, une validation des sites d'initiation de la transcription ainsi qu une prédiction des sites de fixation de facteurs de transcription potentiellement actifs. PromAn implémente deux versions semi-automatiques (en local et sur un serveur web) ainsi qu une version automatisée dédiée aux analyses à haut débit et utilisée en étroite conjonction avec des groupes de gènes potentiellement co-régulés.Dans le cadre de nombreuses collaborations avec divers groupes de recherche, l'efficacité de PromAn a pu être démontrée en étroite synergie avec des validations expérimentales afin de localiser et d'identifier les sites de fixation de facteurs de transcription biologiquement actifs. La version automatisée de PromAn dédiée à l'analyse à haut débit facilitera la compréhension de réseaux de régulations complexes et surtout leurs impacts sur la santé et les maladies humaines.
Entrepôt d'origine : 
Identifiant : ecrin-ori-291077
Type de ressource : Thèse
