De l' évolution de l'alignement multiple,vers une exploitation efficace des données et une extraction des connaissances à l'ère post-génomique
Langue Anglais
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Auteur : Maaloum, Julie
Date de soutenance : 22-11-2006
Directeur(s) de thèse : Poch, Olivier - Koehl, Patrice
Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie
Mots-clés libres : Bioinformatique
Mots-clés :
- Bioinformatique
- Thèses et écrits académiques
- Gestion des connaissances
- Thèses et écrits académiques
- Séquence des acides aminés
- Thèses et écrits académiques
- Ontologies (informatique)
- Thèses et écrits académiques
Résumé : Grâce à la génomique et les technologies protéomiques, la bioinformatique est traversée par une véritable révolution ou l'approche réductioniste traditionnelle est remplacée par de nouvelles stratégies systémiques. Par conséquent, de nouveaux systèmes intégrés sont développés pour la gestion des données hétérogènes, la fouille de l'information et la mise en évidence des connaissances. Dans ce contexte, les alignements multiples de séquences fournissent un environnement idéal pour l'intégration fiable des informations liées à un génome ou un protéome. Durant cette thèse, trois développements ont été réalisés: (i) un banc d'essai pour l'évaluation objective des algorithmes d'alignement, (ii) une ontologie (MAO) des alignements de séquences et de structures, (iii) un système de gestion d'information (MACSIMS) qui exploite l'alignement multiple et l'organisation fournie par l'ontologie. MACSIMS a été utilisé dans plusieurs projets, incluant l'annotation de génomes complets, la caractérisation de cibles pour la protéomique structurale et la prédiction des effets fonctionnels de mutations impliquées dans des pathologies humaines. MACSIMS peut aussi être utilisé pour la mise à l'essai systématique d'hypothèses de recherche et cette approche a été validée dans le cadre d'une étude portant sur la prédiction des sites fonctionnels dans les protéines sur la base de différentes caractéristiques de séquence/structure. Les applications potentielles de MACSIMS touchent aussi bien aux aspects d'annotation automatique de protéines hypothétiques, qu à des aspects plus structuraux tel que l'étude de motifs ou résidus spécifiques d'un repliement. A l'avenir, on peut penser que ces développements auront des implications dans les domaines aussi divers que le génie des protéines, la modélisation de voies biologiques, ou les stratégies de développement de médicaments.
Entrepôt d'origine : 
Identifiant : ecrin-ori-291167
Type de ressource : Thèse
