De la mutation structurale aux phénotypes des pathologies animales : vers une approche intégrative des mutations et de leurs conséquences Maladies héréditaires Pas de mots clés en anglais 572.8 616.04 Maladies héréditaires Thèses et écrits académiques Mutation (biologie) Thèses et écrits académiques Bioinformatique Thèses et écrits académiques Génétique médicale Thèses et écrits académiques Phénotype Thèses et écrits académiques Génotype Thèses et écrits académiques Génétique quantitative Thèses et écrits académiques Le travail présenté dans cette thèse concerne l'étude, par des approches bioinformatiques à haut débit, des relations qui lient le phénotype d'un individu à son génotype, dans le cadre du projet MS2PH ( de la Mutation Structurale aux Phénotypes des Pathologies Humaines ). Nous nous sommes tout d'abord concentrés sur la caractérisation des mutations dans un contexte évolutif et avons développé une stratégie optimale de construction d'alignements multiples de séquences protéiques dédiés aux analyses structurales. Puis, la caractérisation des mutations dans un contexte fonctionnel et structural a été abordée en déployant un serveur Web, MAGOS, réunissant les informations de séquence, structure, fonction et évolution relatives à une protéine d'intérêt. Enfin, nous nous sommes appuyés sur les capacités intégratives de MAGOS, ainsi que sur la puissance de la grille de calcul universitaire Décrypthon (www.decrypthon.fr) pour développer MS2PH-db, une banque de données dédiée aux protéines impliquées dans les maladies monogéniques humaines, qui intègre de plus des données cliniques (mutations et phénotypes associés). Les règles d'association de base entre séquence, mutations, impacts structuraux et phénotypes cliniques associés sont finalement discutées, en se basant sur l'étude de deux protéines dont la relation génotype/phénotype est en partie élucidée. Ces études ouvrent la voie vers la mise en place d'un système générique de prédiction du lien entre mutation et phénotype clinique. This thesis work focuses on high throughput applications of bioinformatics methodologies to study genotype/phenotype correlations in the context of the MS2PH project ( from Structural Mutation to Human Pathologies Phenotypes ). In an initial step, we concentrated on the characterization of mutations in an evolutionary context and we have developed an optimal strategy for the construction of multiple alignments of protein sequences dedicated to structural analysis. Next, the characterization of the mutations in a functional and structural context was addressed by the development of MAGOS, a Web server which allows the coupling of the sequence, structural, functional and evolutionary information related to a given protein of interest. Finally, we exploited the integrative capabilities of MAGOS, as well as the power of the Decrypthon computation grid (www.decrypthon.fr) to develop MS2PH-db, a database dedicated to proteins involved in human monogenic diseases, which also integrates clinical data (mutations and associated phenotypes). In the final section, the basic associative rules between sequence, mutation, structural impact and clinical phenotypes are discussed, illustrated by the analysis of two well-studied proteins for which the genotype/phenotype correlations are partially elucidated. These studies open up the way to the development of a system dedicated to the prediction of the link between mutations and clinical phenotypes. Electronic Thesis or Dissertation Text fr France PDF https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2007/FRIEDRICH_Anne_2007.pdf Université de Strasbourg Strasbourg Friedrich Anne 1977-01-01T00:00:00 FR 112163513 http://www.theses.fr/2007STR13177 2007STR13177 2007-12-21T00:00:00 Bioinformatique Université Louis Pasteur (Strasbourg) 026404540 Doctorat Docteur es non oui Poch Olivier 070441553 École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) ED414 156502844 ddc:570 ddc:610