Avancées en analyse protéomique par spectrométrie de masse : recherche de biomarqueurs et caractérisation de complexes covalents
Langue Français
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Auteur : Bechade, Guillaume
Date de soutenance : 21-12-2009

Directeur(s) de thèse : Van Dorsselaer, Alain


Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Médecine et santé

Mots-clés libres : analyse protéomique , bioinformatique , biomarqueurs , caractérisation chromatographie liquide , ponts disulfures , répétabilité , spectrométrie de masse
Mots-clés :
  • Protéomique - Thèses et écrits académiques
  • Marqueurs biologiques - Thèses et écrits académiques
  • Spectroscopie de masse - Thèses et écrits académiques
  • Chromatographie en phase liquide - Thèses et écrits académiques
  • Bioinformatique - Thèses et écrits académiques
Résumé : L'engouement autour de l'analyse protéomique par spectrométrie de masse a masqué des questions essentielles comme la qualité et la validation des résultats. Des difficultés majeures persistent pour identifier toutes les protéines d'un échantillon et en obtenir un recouvrement de séquence maximal. Actuellement, l'information recueillie est largement incomplète et incertaine. Les progrès à réaliser passent par l'amélioration des techniques séparatives, de la spectrométrie de masse, et des outils bioinformatiques de validation des données protéomiques. Dans ce contexte, ce travail de thèse s'est articulé autour de deux thématiques : Le développement de méthodologies pour améliorer l'analyse protéomique. Une étude de la répétabilité des analyses nanoLC-MS/MS d'échantillons protéiques complexes a conduit à la mise en place de solutions simples pour améliorer le nombre et la qualité des identifications. Ces innovations ont été appliquées à (1) la recherche de biomarqueurs spécifiques de leucémies au diagnostic ambigu ; (2) l'identification de partenaires d'interaction de facteurs de transcription suppresseurs de tumeur dans le foie. La mise au point d'approches pour la caractérisation de complexes protéiques covalents à liaison cystéine-cystéine. Des mesures de protéines entières par LC-MS haute résolution et l'analyse par nanoLC-MS/MS de dipeptides ont notamment permis l'étude de mécanismes rédox intracellulaires. Ces travaux, proposant une utilisation plus fine et fiable de la spectrométrie de masse, ont montré de manière univoque la pertinence de l'approche protéomique pour la découverte clinique, l'analyse fonctionnelle et l'étude de mécanismes enzymatiques.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-298839
Type de ressource : Thèse