Développement d'une suite logicielle pour l'analyse et l'annotation intégrative automatiques de transcrits et de protéines : application aux banques d'ADNc de l'annélide polychète Alvinella pompejana
Langue Français
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Auteur : Gagnière, Nicolas
Date de soutenance : 13-10-2009

Directeur(s) de thèse : Lecompte, Odile - Poch, Olivier

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Génie chimique, technologies alimentaires

Mots-clés libres : Bioinformatique
Mots-clés :
  • Bioinformatique - Thèses et écrits académiques
  • Polychètes - Thèses et écrits académiques
  • Analyse des données - Thèses et écrits académiques
Résumé : Les travaux présentés dans cette thèse s'inscrivent dans le cadre de la génomique à haut-débit, et tout particulièrement l'analyse de séquences d'Expressed Sequence Tags (EST). Les efforts mis en oeuvre ont abouti à la réalisation d'une suite logicielle permettant de gérer une cascade de traitements modulaires. Cette cascade inclut une première phase de prétraitements et d'assemblage visant à améliorer la qualité initiale des EST, qui sont ensuite traduits en séquences protéiques grâce à une combinaison d'approches. La dernière phase consiste en une annotation intégrative des protéines dont l'originalité repose sur l'exploitation du contexte évolutif grâce à l'alignement multiple. La protéine est ensuite replacée au sein de ses réseaux fonctionnels. Les résultats générés sont accessibles via plusieurs interfaces originales de recherche et de visualisation conçues au cours de cette thèse. Les outils développés ont été utilisés pour analyser différentes collections d'EST et de protéines procaryotes et eucaryotes. Ils ont notamment permis l'exploitation de 100 000 séquences de transcrits d'Alvinella pompejana, un Annélide polychète thermotolérant, endémique des sources hydrothermales. Les études comparatives réalisées ont mis en évidence l'importance des gènes impliqués dans l'adaptation au stress oxydatif et à l'hypoxie chez Alvinella ainsi qu un enrichissement des protéines en acides aminés chargés positivement qui pourrait participer à la thermotolérance de ce ver. Enfin, nos travaux ont révélé l'origine ancestrale de nombreux gènes jusqu à présent considérés comme spécifiques des Deutérostomes, modifiant ainsi notre vision de l'évolution des Métazoaires.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-299629
Type de ressource : Thèse