Partie I, Étude structure-fonction de TBP dans les fibroblastes murins. [Suivi de ]Partie II, Étude de l'action de l'acide rétinoïque dans la différenciation neuronale des cellules souches embryonnaires
Langue Français
Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.
Auteur : Choukrallah, Mohamed Amin
Date de soutenance : 28-09-2010
Directeur(s) de thèse : Davidson, Irwin
Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie
Mots-clés libres : TBP , BTAF1 , BTFIID , transription , acide rétinoïque , différenciation neuronale , HES3 , chIP-seq
Mots-clés :
- Transcription génétique
- Thèses et écrits académiques
- Facteurs de transcription
- Thèses et écrits académiques
- Développement neurologique
- Thèses et écrits académiques
- Fibroblastes
- Thèses et écrits académiques
- Souris
- Thèses et écrits académiques
Résumé : Partie 1 : étude structure-fonction de la TBP (TATA Binding Protein) dans les fibroblastes murins. Le domaine C-terminal conservé de la TBP interagit avec de multiples partenaires pour former des complexes nécessaires à la transcription par les ARN polymérases I, II et III. Pour analyser ces interactions dans les cellules de mammifères, nous avons utilisé des fibroblastes embryonnaires murins modifiés génétiquement. Dans ces cellules, la TBP endogène peut être remplacée par une TBP exogène sauvage ou portant des mutations (substitution d'un seul acide aminé dans le domaine C-terminal). Nous avons montré que de nombreux mutants de TBP peuvent complémenter la perte de la TBP endogène, mais provoquent une baisse de la prolifération. Des expériences d'immunoprécipitation couplées à des analyses par spectrométrie de masse ont permis d'identifier deux mutations, R188E et K243E, qui affectent l'interaction TBP/BTAF1 et la formation du complexe B-TFIID. L'analyse du transcriptome montre que la mutation R188E affecte l'expression de seulement 474 gènes. En accord avec ces résultats, l'analyse par ChIP-seq montre que cette mutation n a pas d'effet général sur la distribution de TBP et de la Pol II dans le génome, mais perturbe le fonctionnement d'un nombre réduit de promoteurs par des mécanismes différents. Sur certains promoteurs, la mutation affecte le recrutement de TBP, alors que sur d'autres, elle induit le remplacement de B-TFIID par TFIID, ce qui se traduit par le recrutement de la Pol II et l'activation du promoteur. Ces données montrent que le complexe B-TFIID n'est pas essentiel pour la viabilité cellulaire, mais il est nécessaire à une prolifération normale. Ces données montrent également que B-TFIID n est pas un régulateur global de la transcription, mais régule spécifiquement un ensemble réduit de gènes. Partie 2 : étude de l'action de l'acide rétinoïque dans la différenciation neuronale des cellules souches embryonnaires. Les cellules souches embryonnaires murines (ES) se différencient en neurones pyramidaux glutaminergiques in vitro suite au traitement par l'acide rétinoïque (AR). Nous avons utilisé la technique de RNA-seq pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée après le traitement par l'AR durant la différenciation neuronale. Nous avons ainsi pu établir des profils d'expression génique qui caractérisent chaque stade de ce processus. Plusieurs facteurs de transcription font partie des gènes régulés par l'AR. Parmi ces facteurs se trouve notamment HES3 (Hairy and Enhancer of Split). Afin de mieux comprendre la fonction de ce facteur, nous avons réprimé son expression dans les cellules ES par la technique de shRNA. La perte d'expression de HES3 n affecte pas la réponse précoce à l'AR, ni l'initiation de la différenciation. Nos résultats indiquent que HES3 agit à une étape plus tardive où il est essentiel à l'expression des marqueurs neurogéniques Brn2 et Mapt. Ces observations suggèrent que HES3 est nécessaire à la différenciation neuronale des cellules ES in vitro.
Entrepôt d'origine : 
Identifiant : ecrin-ori-302851
Type de ressource : Thèse
