Etablissement d'une architecture bioinformatique et biostatistique d'intégration et d'analyse des données génomiques, épigénétiques et phylogénétiques du génome humain : application aux sites de fixation du facteur de transcription hStaf/ZNF143
Langue Français
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Auteur : Anno, Yannick-Noël
Date de soutenance : 24-09-2010

Directeur(s) de thèse : Carbon, Philippe - Lecompte, Odile


Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : ChIP-Seq , biostatistique , sites de fixation de facteur de transcription , génome humain , plate-forme bioinformatique , localisation génomique , acide rétinoïque , séquençage haut-débit
Mots-clés :
  • Bioinformatique - Thèses et écrits académiques
  • Génome humain - Thèses et écrits académiques
  • Transcription génétique - Thèses et écrits académiques
  • Facteurs de transcription - Thèses et écrits académiques
Résumé : Le facteur STAF est une protéine deux régions distinctes d'activation de la transcription, selon la machinerie de transcription mobilisée. Une étude récente faisant état d'un millier de sites potentiels au sein des promoteurs de gènes protéiques et dont 400 furent validés expérimentalement laisse supposer que le nombre de sites à l'échelle du génome soit encore plus nombreux, forçant à développer d'autres méthodes de caractérisation à même de questionner le génome entier et de forts volumes de données. Ce problème adresse un challenge d'envergure supérieure : faire émerger de la connaissance à partir d'une région génomique. Afin de savoir quelle connaissance est pertinente, il est indispensable d'évaluer en quoi celle-ci s'écarte des valeurs attendues du génome et donc de connaitre ces valeurs. Dans cette optique nous avons développé l'architecture GeCo, solution soutenue par une base de données automatisée et son portail web, et dont la puissance repose sur son aptitude à déterminer les valeurs statistiques des gènes et du génome complet. Caractérisé par un ensemble de descripteurs (séquence, épigénétique, phylogénétique), le contexte qui en émerge est utilisé pour replacer tout questionnement génomique dans son environnement global, de manière rapide et fiable. Au delà du contexte génomique, c'est une philosophie de développement basée sur de solides outils statistiques que nous avons développé. Son message est que produire des résultats ne suffit plus et qu'il est impératif de les remettre dans leur contexte. Cette architecture permit de mettre en évidence plusieurs milliers de sites de STAF et est d'ores et déjà connectée aux autres projets du laboratoire.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-302941
Type de ressource : Thèse