Nouvelles méthodologies protéomiques d'aide à l'annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques
Langue Français
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Auteur : Gallien, Sébastien
Date de soutenance : 07-12-2009

Directeur(s) de thèse : Van Dorsselaer, Alain


Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Médecine et santé

Mots-clés libres : protéogénomique , peptides N-terminaux , N-TOP , TMPP , protéomique , spectrométrie de masse , phosphorylation , quantification
Mots-clés :
  • Protéines - Thèses et écrits académiques
  • Génomique - Thèses et écrits académiques
  • Protéomique - Thèses et écrits académiques
  • Spectroscopie de masse - Thèses et écrits académiques
Résumé : Ces dernières années, l'analyse protéomique par spectrométrie de masse a considérablement progressé grâce à des développements technologiques jusqu à devenir la méthode de choix pour l'étude des protéines. Les domaines d'application de la protéomique sont aujourd hui très vastes et parmi ceux-ci un nouveau domaine est en pleine émergence : la protéogénomique dans laquelle la protéomique sert directement d'outil d'aide à l'annotation génomique. L'objectif principal de ce travail de thèse était de développer de nouvelles approches de protéogénomique basées sur les méthodologies de la protéomique pour améliorer la qualité des banques de séquences protéiques disponibles pour la communauté scientifique. Pour atteindre cet objectif, nous avons notamment développé : 1-Une nouvelle stratégie pour améliorer la détermination des peptides N-terminaux des protéines (stratégie N-TOP) afin de faciliter l'identification des codons d'initiation des protéines qui représente sans doute un des plus grands défis de l'annotation génomique. 2-Des stratégies optimisées de recherche de données MS/MS dans les banques de séquences (génomiques ou protéiques) pour faciliter la mise en évidence d'erreurs dans les banques protéiques générées par prédiction in silico. Ces stratégies ont pu être appliquées avec succès dans le cadre de différentes études en permettant d'améliorer la qualité des banques protéiques La stratégie N-TOP a également ouvert d'autres perspectives dans deux grands champs très important de la protéomique : la caractérisation des phosphorylations des protéines et la protéomique quantitative.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-303051
Type de ressource : Thèse