Protéomique : maîtrise de l'instrumentation, applications et étude des glycosylations Proteomic,instrumentation's expertise, applications and glycosylations studies stratégies protéomiques spectrométrie de masse chromatographie liquide glycosylations caractérisation de proteines quantification Pas de mots clés en anglais 572.6 Technologie des protéines Thèses et écrits académiques Protéomique Thèses et écrits académiques Spectroscopie de masse Thèses et écrits académiques Chromatographie en phase liquide Thèses et écrits académiques Glycosylation Thèses et écrits académiques Protéines Thèses et écrits académiques Pour répondre aux questions posées par les biologistes, la description des protéomes doit être de plus en plus précise au niveau des structures des protéines et en particulier des modifications posttraductionnelles. Malgré le grand nombre de méthodologies développées en analyse protéomique, la description d'un protéome reste souvent encore assez sommaire au vue de sa complexité structurale. La glycosylation apporte aux protéines un degré de complexité qui rend l'analyse des glycoprotéines particulièrement difficile principalement à cause de son hétérogénéité. Nous avons donc développé un ensemble de méthodologies qui permet, non seulement de déterminer les sites de N-glycosylation ainsi que les micro-hétérogénéités associées, mais qui est également adapté à l'étude d'échantillons disponibles en très petites quantités. Notre travail a principalement porté sur les points suivants : · L'identification d'un maximum de protéines grâce à une optimisation des méthodes nanoLCMS/MS pour des d'échantillons en très petites quantités ne permettant de réaliser qu une seule analyse ; · La caractérisation des glycopeptides présents dans des mélanges complexes, en utilisant les ions diagnostiques spécifiques de la fragmentation des glycopeptides. Ces développements méthodologiques ont été appliqués à différents problèmes biologiques (Toxoplasma gondii, Vitis vinifera), et ont ainsi permis d'identifier et de caractériser des protéines et des glycoprotéines impliquées dans des processus biologiques clefs. Biological questions require a sharp description of proteomes at the level of protein structures and in particular for posttranslational modifications. Despite the large number of methodologies developed in proteomic analysis, the description of a proteome remains usually inaccurate compared to its high degree of structural complexity. Glycosylation provides proteins with a high degree of complexity that makes analysis difficult especially because of its heterogeneity. We have therefore developed a series of methodologies allowing the determination of Nglycosylation sites as well as their micro-heterogeneities. These methodologies were then adapted to the analysis of samples available only in very low amounts. Our work focused on the following elements: · Identify a maximum of proteins from small quantity samples, sufficient for only one analysis, by optimizing nanoLC-MS/MS methods; · Characterize glycopeptides available in complex mixtures, using diagnostics ions which are specific to glycopeptides fragmentation. These developments were then applied to diverse biological problematic and allowed the identification and characterization of proteins and glycoproteins involved in key biological processes. Electronic Thesis or Dissertation Text fr France PDF https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2010/HOVASSE_Agnes_2010.pdf Université de Strasbourg Strasbourg Hovasse Agnès 1979-01-01T00:00:00 FR 131301977 http://www.theses.fr/2010STRA6177 2010STRA6177 2010-09-29T00:00:00 Chimie analytique Université de Strasbourg 131056549 Doctorat Docteur es non oui Van Dorsselaer Alain 069815070 École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....) ED222 156504081 ddc:570