Analyse intégrative des données structurales et reconnaissance de forme : application à la régulation de la transcription eucaryote
Langue Français
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Auteur : Albou, Laurent-Philippe
Date de soutenance : 29-09-2010

Directeur(s) de thèse : Moras, Dino - Poch, Olivier

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : bioinformatique , structure , interaction , forme alpha , cartographie moléculaire , région , criblage , récepteur nucléaire
Mots-clés :
  • Bioinformatique structurale - Thèses et écrits académiques
  • Dynamique moléculaire - Thèses et écrits académiques
  • Transcription génétique - Thèses et écrits académiques
  • Criblage pharmacologique - Thèses et écrits académiques
  • Protéines - Thèses et écrits académiques
Résumé : En 5 ans, les projets internationaux de Biologie et Génomique Structurales ont doublé le nombre de structures moléculaires disponibles dans la Protein Data Bank. Au cours de cette thèse, j ai développé des approches de Bioinformatique Structurale permettant l'analyse intégrative de ces données pour mieux décrire les mécanismes moléculaires d'interactions. Nous avons montré, qu en moyenne, 44% de la surface protéique est impliquée dans des interactions avec des molécules autres que solvants et ions, et que, si près de 86% de la surface des protéines peut être hydratée transitoirement, seule 15% l'est de façon spécifique. En différenciant tous les types de sites de liaisons (protéine, ADN, ARN, ligand ) de chaque protéine, nous avons montré l'existence de recouvrements entre ces régions. Cette observation a conduit à la définition de deux grandes familles de sites de liaisons: des sites spécifiques, capables de ne lier d'un seul type de molécule, et des sites polyvalents, capables de lier au moins deux types différents de molécules. Les sites de liaisons spécifiques diffèrent grandement des sites de liaisons polyvalents, notamment en termes d'hydrophobicité. Les sites spécifiques pourraient être l'indicateur d'interactions fortes voir permanentes. L'analyse rapide et systématique des surfaces moléculaires a également requis le développement d'approches géométriques avancées, mettant en œuvre les formes alphas, pour permettre la construction de régions contiguës et la définition de courbures locales. Le criblage des régions contiguës, tout comme un blast mais pour la comparaison de régions 3D locales, ouvre la voie à de nombreuses applications biologiques et pharmaceutiques.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-304531
Type de ressource : Thèse