Développement de ligands et d'outils chimiques pour la protéomique fonctionnelle
Langue Français
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Auteur : Moune Dimala, Martin
Date de soutenance : 27-09-2010

Directeur(s) de thèse : Oudet, Pierre

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Médecine et santé

Mots-clés libres : protéomique , réaction bioorthogonale , purification par affinité , conditions non dénaturantes , lien clivable , azobenzène , gyrase
Mots-clés :
  • Protéomique - Thèses et écrits académiques
  • Ligands (biochimie) - Thèses et écrits académiques
  • Composés complexes - Thèses et écrits académiques
  • Azobenzène - Thèses et écrits académiques
  • ADN-gyrase - Thèses et écrits académiques
  • Inhibiteurs de l'ADN-gyrase - Thèses et écrits académiques
Résumé : L'objectif majeur de ce travail était de développer des sondes site-actif dérivées d'inhibiteurs, comportant des modules chimiques fonctionnels biocompatibles de type photo-liaison, couplage par réaction bio-orthogonale, clivage chimique et module de purification par affinité pour des applications en protéomique. Les applications sont multiples et permettent entre autres de réaliser des études d'identification de complexes moléculaires actifs et de déconvolution de cibles thérapeutiques. Le travail réalisé porte sur la validation de ces modules chimiques au travers de l'étude d'une topoisomérase bactérienne de type II (l'ADN gyrase) et de son inhibiteur antibiotique naturel (la novobiocine) avec la perspective de développer divers types de sondes site actif ciblant d'autres familles d'enzymes. Dans un premier temps une sonde a été développée et une analyse qualitative des chimies de couplage de type cycloaddition de Huisgen et ligation de Staudinger (biocompatibilité, spécificité, efficacité) a été réalisée. Puis cette sonde équipée d'un module clivable azobenzène a ensuite permis de réaliser en condition non dénaturante la purification des complexes impliquant la gyrase B et la déconvolution des cibles de la novobiocine chez Escherichia coli. Enfin, le travail réalisé sur le couple gyrase/novobiocine permis d'initier le développement d'une nouvelle étiquette de purification de complexes basée sur le domaine minimal de fixation de la novobiocine. Le développement d'une sonde ciblant les protéines histones désacétylases a également été entrepris.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-306647
Type de ressource : Thèse