Développement de nouveaux outils et approches pour l'étude des protéines intrinsèquement désordonnées
Langue Français
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Auteur : Tanty, Matthieu
Date de soutenance : 09-09-2011

Directeur(s) de thèse : Delsuc, Marc-André


Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Sciences de la vie et de la santé
Classification : Physique, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : protéines intrinsèquement désordonées , espace conformationnel , diagramme de Ramachandran , résonance magnétique nucléaire
Mots-clés :
  • Séquence des acides aminés - Thèses et écrits académiques
  • Conformation des protéines - Thèses et écrits académiques
  • Résonance magnétique nucléaire - Thèses et écrits académiques
  • Interactions protéine-protéine - Thèses et écrits académiques
Résumé : Les protéines intrinsèquement désordonnées (IDP), pendant longtemps ignorées, s'avèrent d'un grand intérêt biologique. En effet, malgré leur manque de structure secondaire, ces protéines ont une activité et sont impliquées dans de nombreuses interactions protéine-protéine ou protéine-ligand, notamment en ce qui concerne les maladies neurodégénératives. L'étude des IDP devient un enjeu majeur afin de comprendre cette partie de la biologie, méconnue jusqu'à il y a peu. Malheureusement, une grande majorité des outils développés en biologie pour les protéines repliées ne sont pas applicables aux IDP puisqu'elles supposent la présence d'une structure tertiaire. Bien que de plus en plus de groupes de recherches s'intéressent à ces protéines et aux façons de les étudier, il est nécessaire de créer ou de découvrir de nouveaux moyens d'analyser les IDP. Trois grandes méthodes d'analyse des IDP ont été développées durant cette thèse. Dans un premier temps, nous parlerons de la détermination de la dimension fractale des protéines afin de connaître leur comportement hydrodynamique. Nous avons pour cela utilisé une méthode propre à la chimie des polymères que nous avons appliqué à des peptides polyproline ainsi qu'à une IDP salivaire riche en proline. Dans un deuxième temps, nous décrirons comment prédire ces conformations à partir des déplacements chimiques. Cette réflexion a menée à l'écriture de deux logiciels gratuits RamaDA/RamaDP. Enfin, le dernier point donnera un aperçu de l'étude complète de l'interaction entre une protéine structurée et son partenaire désordonné à partir de multiples données expérimentales, des outils précédents et d'un générateur aléatoire de conformations.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-307137
Type de ressource : Thèse