Génomique fonctionnelle de micro-eucaryotes bio-indicateurs d'environnements exposés aux drainages miniers acides
Langue Français
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Auteur : Halter, David
Date de soutenance : 03-10-2011

Directeur(s) de thèse : Bertin, Philippe - Arsène-Ploetze, Florence

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : micro-eucaryotes , génomique fonctionnelle , transcriptomique , protéomique , arsenic , microbiologie environnemental , protistes eucaryotes
Mots-clés :
  • Protistes eucaryotes - Thèses et écrits académiques
  • Écologie microbienne - Thèses et écrits académiques
  • Protéomique - Thèses et écrits académiques
  • Métagénomique - Thèses et écrits académiques
  • Microbiologie de l'environnement - Thèses et écrits académiques
Résumé : Les exploitations minières conduisent à une accumulation importante de roches sous forme de stériles miniers qui, au contact de l'air, s'oxydent et libèrent les métaux lourds et des métalloïdes auxquels ils sont associés. Ce processus, connu sous le nom de drainages miniers acides (DMA), conduit à des catastrophes écologiques dans les écosystèmes en aval. Seul certains organismes microbiens sont capables de contrer ces conditions de vie extrêmes et peuvent affecter l'évolution de ces sites. L'objectif de cette thèse est d'étudier in situ la communauté microbienne associée au DMA de Carnoulès (Gard, France). Pour cela, les communautés bactériennes et eucaryotes ont été récupérées par gradient de densité, permettant de contourner les étapes de culture in vitro préjudiciables à la compréhension des mécanismes en œuvres in situ. L'étude de la communauté bactérienne par des approches de méta-génomique, méta-protéomique et de RT-PCR a révélé la présence de 7 espèces majoritaires dont 5 correspondent à des organismes non cultivés et permet de modéliser les processus de bio-atténuation observés sur ce site. Par ailleurs, des interactions trophiques ont été mises en évidences. Ainsi, le rôle du protiste Euglena mutabilis dans la production primaire a été souligné par des approches de protéomique et métabolomique. Enfin, les processus adaptatifs permettant à ce protiste d'évoluer sur ce site riche en arsenic ont été analysés in vitro par une étude comparative avec l'organisme modèle E. gracilis, non retrouvé dans les DMA. Cette étude, basée sur des approches de transcriptomique différentielle a souligné des adaptations fonctionnelles originales pour pallier les stress liés aux DMA.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-307157
Type de ressource : Thèse