Étude du mouvement de la bouche flexible WPD de la protéine tyrosine phosphatase humaine PTP1B et les facteurs qui l'influencent
Langue Anglais
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Auteur : Katz Wisel, Aline
Date de soutenance : 25-10-2011

Directeur(s) de thèse : Podjarny, Alberto - Ventura, Oscar N.

Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Chimie, minéralogie, cristallographie, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : PTP1B , boucle WPD , bromure , iodure , cristallographie , dynamique moléculaire , optimisation de géométrie
Mots-clés :
  • Tyrosine phosphatase - Thèses et écrits académiques
  • Dynamique moléculaire - Thèses et écrits académiques
  • Cristallographie - Thèses et écrits académiques
  • Bromures - Thèses et écrits académiques
  • Iodures - Thèses et écrits académiques
Résumé : Ce travail présente l'étude structurale du mouvement de la boucle flexible WPD de l'enzyme humaine PTP1B en présence de différents ions halogènes. La protéine d'intérêt a été co-cristallisée avec différentes concentrations de solution tampon acétate et d'halogènes (Br- et I-), et son structures tridimensionnelles ont étés déterminées. Dans les complexes avec l'ion bromure, la boucle WPD était aussi bien dans la conformation fermée qu ouverte, tandis que dans les complexes avec l'ion iodure uniquement la conformation fermée a été observée. Cela indiquerait une relation entre la nature de l'ion et la conformation de la boucle. Des études cristallographiques ont également permis de déterminer une corrélation entre la concentration d'halogénure présent dans la solution dans laquelle le cristal a été obtenu et la conformation de la boucle. Les mouvements collectif du complexe ont été étudiés par simulation de dynamique moléculaire. Lors de la simulation, le complexe protéine-bromure présente un changement de conformation, qui n'a pas été observé pour le complexe protéine-iodure. Une optimisation de la géométrie en utilisant des méthodes hybrides est en cours, pour quatre systèmes : PTP1B-bromure avec le boucle en conformation fermée; le même complexe avec le boucle en conformation ouvert ; PTP1B-iodure en conformation ouvert; et le même complexe avec le boucle en conformation fermée. La détermination précise de la région à étudier au haut niveau de la théorie est essentielle pour l'utilisation de méthodes hybrides. Ce travail présent la méthodologie utilisée pour déterminer cette région, et pour identifier les résidus interagissant avec l'ion correspondant.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-307487
Type de ressource : Thèse