Auteur(s) : Wolf, Thibaut
Directeur(s) : Benoit Lhermite, Natacha Entz-Werlé
Composante : MEDECINE
Date de création : 30-06-2023

Résumé(s) : Introduction - En 2018 a été mise au point une classification des tumeurs du système nerveux central (SNC) entièrement basée sur l’étude de leur profil de méthylation. Il en a découlé un outil informatique dénomé « classifier » permettant d'assigner un score à un profil de méthylation, mesurant sa probabilité d’appartenir à l’une des classes de méthylation de la classification. Depuis, cet outil d’aide au diagnostic en neuropathologie tumorale est devenu incontournable. Ce travail réalise une description et une analyse rétrospective des premiers résultats de l’étude du méthylome d’une cohorte de 78 tumeurs du SNC réalisée à Strasbourg depuis mai 2022. Il cherche à préciser la place à accorder à cette technologie émergente dans le diagnostic anatomopathologique des tumeurs du SNC. Ainsi, il analyse les scores calibrés obtenus et les résultat d’un outil bioinformatique developpé spécifiquement pour l’analyse des méthylomes et les confronte au diagnostic anatomopathologique. Les principaux critères de qualité techniques pouvant influencer les résultats obtenus sont également précisés. Matériel et méthodes – L’étude du méthylome utilise la technologie infinium MethylEpic d’Illumina, après une étape de conversion au bisulfite de l’ADN. Pour chaque analyse, le score calibré est déterminé grace au classifier d’Heidelberg hébergé sur le site molecularneuropathology.org. Ces scores sont séparés en 3 catégories selon deux seuils définis dans littérature : les scores supérieurs à 0,9, les scores compris entre 0,3 et 0,9 et les scores inférieurs à 0,3. Ces scores sont confrontés au diagnostic anatomopathologique et aux résultats d’un outil bioinformatique réalisant des analyses de clustering non supervisé (t-SNE). Résultats - 38% des scores sont supérieurs à 0,9, 33% sont compris entre 0,3 et 0,9 et 29% sont inférieurs à 0,3. La concordance entre les scores supérieurs à 0,9 et le diagnostic anatomopathologique est excellente puisque 86% des scores sont en accord avec ce diagnostic. Cinq cas sont néanmoins associés à une autre classe de méthylation Après relecture histologique, réalisation d’analyses moléculaires complémentaires et t-SNE, la proposition du classifier a été privilégiée au diagnostic anatomopathologique. Quarante six pourcent des scores entre 0,3 et 0,9 sont en accord avec le diagnostic et 38% des scores sont obtenus pour des classes de méthylation proches du diagnostic. Concernant les scores inférieurs à 0,3, seuls 4% d’entre eux sont en accord avec le diagnostic initial et 4% sont obtenus pour des classes de méthylation proches du diagnostic. Ce groupe est associé à un fort taux d’échec de la bisulfitation (36%). Conclusion - Nos résultats montrent la forte corrélation entre le diagnostic anatomopathologique et le méthylome, en particulier si le score calibré est supérieur à 0,9. Dans cette catégorie de score de notre série, la proposition diagnostique du classifier est plus performante que l’examen anatomopathologique pour arriver au diagnostic. Pour les scores inférieurs à 0,9, l’échec de la conversion bisulfite est la principale cause retrouvée en proposition diagnostique aberrante. Nénamoins, dans ce groupe au score calibré faible, la proposition diagnostique est assez souvent proche du diagnostic (27%). Ceci invite donc à considérer toute proposition diagnostique, même si elle est associée à un score plus faible (entre 0,3 et 0,9), à la condition que les contrôles techniques attestent d'une réussite de la conversion bisulfite et que la proposition soit validée par une technique complémentaire.
Discipline : Médecine (Anatomie et cytologie pathologiques)
Mots-clés libres : Gliomes, Neuropathologie, Biologie moléculaire, Bioinformatique, Méthylation de l'ADN, 611
Couverture : FR