Le métabolisme du dichlorométhane chez Methylobacterium extorquens DM4 : génomique fonctionnelle et physiologie‎
Langue Français
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Auteur : Mulller, Emilie
Date de soutenance : 30-03-2011

Directeur(s) de thèse : Vuilleumier, Stéphane - Bringel, Françoise

Établissement de soutenance : UNISTRA - Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : DISC-16
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Dichlorométhane, Méthylotrophie, Génomique comparative, Mutagenèse aléatoire, Protéomique différentielle
Mots-clés :
  • Dichlorométhane - Thèses et écrits académiques
  • Génomique comparative - Thèses et écrits académiques
  • Mutagenèse - Thèses et écrits académiques
  • Hydrocarbures chlorés - Thèses et écrits académiques
  • Protéomique - Thèses et écrits académiques
Résumé : La souche Methylobacterium extorquens DM4 peut utiliser le dichlorométhane (DCM), un solvant chloré monocarboné toxique, comme substrat de croissance. L’enzyme-clé de ce métabolisme, une DCM déshalogénase (DcmA), catalyse la déchloration du DCM en formaldéhyde, un intermédiaire génotoxique du métabolisme méthylotrophe bactérien. Des travaux antérieurs ont montré que l’apport en trans du gène dcmA ne confère pas à une souche non-déchlorante du genre Methylobacterium la capacité d’utiliser le DCM pour se développer.Afin de mettre en évidence les bases moléculaires de l’adaptation au DCM, le criblage d’une banque de mutants et une étude de protéomique comparative en conditions méthylotrophes déchlorante ou non-déchlorante ont été effectués chez la souche DM4, dont le génome a été analysé au cours de ce travail. Des 59 déterminants génétiques identifiés expérimentalement, 40% définissent 7 clusters spécifiques de la réponse au DCM. L’un d’eux, une région de 5,5 kb très conservée, nommée «dcm islet» et portant les gènes dcmRABC, est nichée dans des ilots génomiques différents chez les 2 souches DCM-dégradantes dont le génome a été séquencé. Les autres loci identifiés sont communs aux 8 génomes séquencés du genre Methylobacterium. Cette participation importante du «core genome» dans la réponse au DCM implique notamment le transporteur Cli (Cl-induit), la réponse générale au stress, des ajustements du métabolisme méthylotrophe et des propriétés de surface. La caractérisation fonctionnelle de ces gènes sera poursuivie au laboratoire, avec en plus un objectif appliqué de recherche de biomarqueurs pour l’amélioration des méthodes d’abattement du DCM d’effluents gazeux industriels.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-58926
Type de ressource : Thèse