Auteur(s) : Ursenbach Axel
Directeur : Argemi Xavier
Composante : MEDECINE
Date de création : 09-09-2019

Description : Médecine Interne, Résumé : un diagnostic microbiologique est fondamental pour adapter l’antibiothérapie des patients à la fois pour augmenter les chances de guérison, réduire les effets secondaires et la sélection de bactéries multirésistantes, ce qui est un enjeu actuel de santé publique. La culture standard a des limites et une méthode de biologie moléculaire, la PCR 16S, est une alternative intéressante. Notre étude incluait rétrospectivement 806 PCR 16S. Les résultats confirmaient l’intérêt de cet examen pour la prise en charge des patients suspectés d’infection bactérienne sur différents types de prélèvements habituellement stériles. Cette technique ne semblait pas plus rentable en ce qui concerne l’impact clinique sur l’un ou l’autre des différents types d’échantillons, même si elle semblait plus intéressante sur les liquides de sonication de prothèse. Une PCR 16S positive avait en revanche un impact clinique significativement plus fréquent pour les méningites que pour les endocardites (62% versus 16%, p-0.001). La prise en charge des patients était plus fréquemment modifiée quand une bactérie à croissance difficile était identifiée par la PCR 16S, quand les hémocultures étaient négatives, et surtout quand la culture standard ne permettait pas de diagnostic microbiologique. La PCR 16S pouvait tout de même s’avérer utile quand une bactérie était identifiée par hémoculture ou par culture de l’échantillon. Elle permettait en cas de résultat discordant de mettre en évidence une contamination ou d’identifier plus précisément un pathogène. En cas d’antibiothérapie préalable au prélèvement, la PCR 16S avait un intérêt diagnostic au vu de la fréquence des cultures négatives. Dans un avenir proche, les techniques de séquençage à haut débit devraient considérablement modifier les pratiques de diagnostic moléculaire et remplacer dans certaines situations la PCR 16S, en apportant des informations plus larges que la simple identification microbiologique comme les profils de résistance aux antibiotiques, la présence d’éléments génétiques mobiles ou encore de facteurs de virulence., Summary : Antimicrobial stewardship is to be improved in patients suspected of bacterial infection. Standard cultures can be found wanting leading to unsuitable antibiotic therapy. Polymerase Chain reaction targeting 16S ribosomal DNA (16S PCR) followed by Sanger’s sequencing can identify bacteria from usually sterile sites. We conducted a retrospective study in Strasbourg University Hospital to assess the clinical impact on patient’s management regarding different type of samples of this technique. From 2014 to 2018, 806 16S PCR were included among which 191 were positive. A clinical impact was found in 62/191 patients (32%). The antibiotic treatment was rationalized in 31 patients (50%), extended in 24 patients (39%) and for 7 patients (11%) 16S PCR result lead to an invasive procedure. Among all 16S PCR done, none of the different type of sample was significantly more profitable than another based on the clinical impact (p=0.078). However, a positive 16S PCR on CSF was more likely to change the patient’s management than on cardiac valves (p=0.044). The proportion of clinical impact of a positive 16S PCR was significantly superior when blood cultures were negative (p-0.001), and this difference appeared larger when blood cultures and sample culture were negative (p-0.001). Diagnostic contribution of 16S PCR was higher in patients having efficient antibiotic treatment before sampling (p-0.001). Positive 16S PCR was clinically relevant in 36% discordant result with sample culture (8/22) and 44% discordant result with blood cultures (7/16). In conclusion, 16S PCR is useful on different type of samples on patient’s management especially when no bacterium is identified in culture and for patients with previous antibiotic treatment.
Mots-clés libres : PCR (génétique), 617.6, Microbiologie médicale, Antibiothérapie
Couverture : FR