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Discovery of new enzyme activities from environmental samples by ultrahigh-throughput screening
Description : L'étude de l'énorme réservoir encore peu exploité d’activités enzymatiques que représente la biosphère microbienne dans toute sa diversité requiert aujourd'hui de nouvelles techniques à haut- débit qui puissent autant que possible s’affranchir des contraintes liées à la culture. Le but principal ...
Mots clés : Criblage pharmacologique, Cinétique enzymatique, Microfluidique
Auteur : Geersens Émilie
Année de soutenance : 2022
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Discovery of new enzyme activities from environmental samples by ultrahigh-throughput screening
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Double approche à la thérapie anti-tumorale à l'aide de vecteurs lentiviraux
Description : Le traitement du cancer par thérapie génique nécessite d’une part des gènes suicides efficaces et, d’autre part, l’adressage spécifique de ces gènes aux cellules cancéreuses. J'ai d'abord caractérisé un nouveau gène suicide dérivé de la désoxycytidine kinase humaine (dCK) : le M36. Comparé à la ...
Mots clés : Cancer, Marqueurs tumoraux, Transduction, Gènes-suicide transgéniques, Produits du gène env du virus de l'immunodéficience humaine
Auteur : Coulibaly Tata Safiatou
Année de soutenance : 2017
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Double approche à la thérapie anti-tumorale à l'aide de vecteurs lentiviraux
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Etude biochimique et structurale des complexes MARS de plasmodium
Description : Plasmodium est le parasite qui cause le paludisme. L’équipe a mis en évidence, in vitro, l’import d’ARNt exogène et a identifié un transporteur potentiel : la protéine tRip (tRNA import protein). In vitro, tRip lie tous les ARNt en reconnaissant leur structure. In vivo, tRip est une protéine tra ...
Mots clés : Plasmodies, Aminoacyl-ARNt synthétases, Paludisme
Auteur : Jaramillo Ponce José Refugio
Année de soutenance : 2020
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Etude biochimique et structurale des complexes MARS de plasmodium
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Étude d’éléments cis-régulateurs de l’initiation de la traduction eucaryote par des méthodes in vitro et par des méthodes de criblage à haut-débit
Description : Le premier volet de ce travail est dédié à la recherche de séquences qui modulent la reconnaissance du codon initiateur par le ribosome. L’analyse des résultats de criblages de banques d’ARN rapporteurs portant des contextes nucléotidiques randomisés autour du codon AUG initiateur, ainsi que l’a ...
Mots clés : Codons, Traduction génétique, Séquence nucléotidique
Auteur : Tidu Antonin
Année de soutenance : 2023
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Etude de la régulation de l'expression des microARN de l'herpesvirus associé au sarcome de Kaposi
Description : La dérégulation de l’expression des microARN peut induire des cancers. De plus, ils jouent un rôle crucial dans la pathogénèse et la survie des virus. L’herpès virus humain de type 8 (HHV-8 ou KSHV) est l’agent étiologique du sarcome de Kaposi et est impliqué dans la génération de lymphomes agressifs ...
Mots clés : Herpèsvirus humain 8, Régulation génétique, MicroARN, Apoptose, Cancérogenèse virale, Sarcome de Kaposi
Auteur : Contrant Maud
Année de soutenance : 2014
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Étude de la structure de la région 5’ terminale de l’ARN génomique du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 et des réarrangements induits par Gag et ses produits de maturation
Description : La région 5’ terminale de l’ARN génomique (ARNg) du virus l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) régule de nombreuses étapes du cycle viral via les structures complexes qu’elle adopte. Lors des étapes tardives, un dimère d’ARNg est spécifiquement sélectionné par des protéines Pr55Gag pour ...
Mots clés : Interactions ARN-protéine, Protéines virales, Infections à VIH, ARN viral
Auteur : Gilmer Orian
Année de soutenance : 2022
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Étude des ARN régulateurs et de leurs réseaux impliqués dans la formation des biofilms chez Staphylococcus aureus
Description : Staphylococcus aureus est un pathogène opportuniste capable de produire deux types de biofilms : ica-indépendants et ica-dépendants. Le premier repose sur l’expression de protéines et la sécrétion d’ADN extracellulaire. Le second dépend de l’expression de l’opéron icaADBC qui produit les enzymes ...
Mots clés : Régulation génétique, Staphylocoque doré, Biofilms
Auteur : Mercier Noémie
Année de soutenance : 2023
Accès restreint jusqu'au 15-10-2024 (confidentialité ou accès intranet)    Accès restreint jusqu'au 15-10-2024 (confidentialité ou accès intranet)
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Etude des réseaux de reconnaissance biomoléculaire à l'échelle atomique pour les systèmes ARN et ARN/protéines
Description : Mis à part les liaisons hydrogène, d’autres interactions non covalentes participent dans les réseaux de reconnaissance ARN et ARN protéines. Parmi celles-ci, j’ai étudié les interactions oxygène-pi. Cette interaction prend la forme phosphate-pi dans les U turns et O4'-pi dans les motifs ARN-Z. Je ...
Mots clés : Reconnaissance moléculaire, Interactions ARN-protéine, Bioinformatique structurale, Pliage de l'ARN
Auteur : D'Ascenzo Luigi
Année de soutenance : 2016
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Etude du mécanisme d'hyperméthylation de la coiffe des ARNm de sélénoprotéines et impact sur leur traduction
Description : La synthèse des sélénoprotéines fait appel à un mécanisme de recodage traductionnel d’un codon UGASec. Chez les mammifères, ce processus est conditionné par le recrutement de facteurs spécialisés dans la région 3’UTR des ARNm de sélénoprotéines, au niveau d’une tige-boucle appelée SECIS. Lors de ...
Mots clés : Interactions ARN-protéine, ARN messagers, Traduction génétique, Méthylation, Sélénoprotéines
Auteur : Gribling-Burrer Anne-Sophie
Année de soutenance : 2015
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Étude du mécanisme de régulation des alphavirus par les microARN cellulaires : rôle de miR-124 dans l'infection par les alphavirus
Description : Les microARN (miARN) sont des petits ARN non-codants qui agissent comme des régulateurs post- transcriptionnels de l’expression de gènes en ciblant les ARN messagers. Ils sont impliqués dans la régulation d’un grand nombre de processus cellulaires et peuvent également participer aux interactions ...
Mots clés : Infections à Alphavirus, Microorganismes -- Pathogénicité, Relations hôte-virus, Génétique virale, MicroARN
Auteur : Lopez Carnero Paula
Année de soutenance : 2020
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Etude génomique multi-espèces de la réponse adaptative au stress oxydatif
Description : Durant cette thèse, j'ai employé des approches de transcriptomique comparative pour identifier des processus biologiques impliqués dans la réponse au stress et l’adaptation. Cette étude a mis en évidence l’existence d’un jeu de gènes conservés entre des espèces de vertébrés. L’étude ...
Mots clés : Vertébrés, Résistance au stress, Génétique de l'évolution, Bioinformatique
Auteur : Thomès Luc
Année de soutenance : 2020
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Etude structurale du complexe CCR4-NOT
Description : Le recyclage des ARN débute par un étape de déadenylation ou la queue poly (A) est enzymatiquement clivée. La deadenylation est l’étape limitante dans le processus de dégradation des ARN. In vivo la deadenylation s’effectue successivement par les complexes multi-protéiques Pan2-Pan3 et Ccr4-Not. ...
Mots clés : Récepteurs CXCR4, Complexes récepteur-ligand, Radiocristallographie, Relations structure-activité, Récepteurs CCR4
Auteur : Basquin Jérôme
Année de soutenance : 2015
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Étude structurale et fonctionnelle de la protéine Pr55Gag du VIH-1 en association avec le signal d’encapsidation de l’ARN génomique
Description : Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) sélectionne son ARN génomique (ARNg) parmi de nombreux ARN cellulaires et viraux épissés impliquant des interactions spécifiques entre la protéine Gag et le signal d’encapsidation de l’ARNg. Pour que l’ARN soit encapsidé dans les p ...
Mots clés : Protéines virales, Interactions ARN-protéine, Infections à VIH, Plasmides
Auteur : Bussienne Charlotte
Année de soutenance : 2023
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Etude thermodynamique de l'initiation de la traduction et de l'élongation chez Escherichia coli
Description : La traduction est un processus itératif réalisé par le ribosome. Chez Escherichia coli, le ribosome est composé d’une grande sous-unité 50S et d’une petite sous-unité 30S (S correspondant au coefficient de sédimentation). La traduction débute par la mise en place d’une interaction entre le codon ...
Mots clés : Élongation (biologie moléculaire), Traduction génétique, Ribosomes, Escherichia coli
Auteur : Meyer Benoît
Année de soutenance : 2016
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Études biophysiques et structurales d'antibiotiques ciblant le ribosome
Description : La lutte contre les agents pathogènes multirésistants et le développement de nouveaux antibiotiques ont été classés comme une priorité absolue par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Mais peu de nouveaux antibiotiques apparaissent en thérapie. Près de la moitié des antibiotiques commercialisés ...
Mots clés : Ribosomes, Site d'entrée interne des ribosomes, Résistance aux antibiotiques
Auteur : Renard Eva
Année de soutenance : 2021
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Études structurales et fonctionnelles de protéines impliquées dans l’assimilation du fer chez les bactéries Gram-négatives
Description : Le fer est un élément essentiel à la vie car il possède un rôle clé dans de nombreux processus biologiques.Malgré son abondance au niveau de la croûte terrestre, le fer est très faiblement biodisponible. Pour contourner ce problème, la majorité des micro-organismes a développé différents systèmes ...
Mots clés : Bactéries Gram négatives, Sidérophores, Fer, Cristallographie, Protéines de transport
Auteur : Brillet Karl
Année de soutenance : 2013
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Exploration des contraintes génétiques et structurelles à la génération de formes du VIH-1 portant des enveloppes recombinantes
Description : Le VIH, grâce à sa variabilité génétique, présente une grande capacité à échapper au système immunitaire et s’adapter à l’environnement. La recombinaison, source importante de cette variabilité, est illustrée par le grand nombre de formes recombinantes observées dans l’épidémie. Le laboratoire s’est ...
Mots clés : VIH (virus), Recombinaison génétique, Glycoprotéine 120, Immunopathologie
Auteur : Hamoudi Meriem
Année de soutenance : 2012
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Exploration des contraintes génétiques et structurelles à la génération de formes du VIH-1 portant des enveloppes recombinantes
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Fonction de la protéine Tex chez Staphylococcus aureus : un lien potentiel avec les ARN régulateurs ?
Description : L’ARNIII de S. aureus est considéré comme un régulateur majeur de la virulence de la bactérie. Il agit au niveau post‐transcriptionnel en interagissant avec ses ARNm cibles, permettant la répression des protéines d’adhésion et l’expression des exotoxines. Des expériences de chromatographie d’affinité ...
Mots clés : Staphylocoque doré, Virulence (microbiologie), Toxines de staphylocoque doré, ARN -- Modifications posttranscriptionnelles, Ribonucléases
Auteur : Parmentier Delphine
Année de soutenance : 2014
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Fonction de la protéine Tex chez Staphylococcus aureus : un lien potentiel avec les ARN régulateurs ?
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Fonctions de nouveaux ARN non codant dans la régulation de l'expression des gènes chez Staphylococcus aureus : adaptation à l'environnement et virulence
Description : Staphylococcus aureus, pathogène opportuniste de l’homme, est responsable de 30% des infections nosocomiales. L’apparition de souches multi résistantes aux antibiotiques en font un problème majeur de santé publique. La pathogénie de la bactérie résulte de l’expression d’une pléthore de facteurs ...
Mots clés : ARN non codants, Régulation génétique, Staphylocoque doré
Auteur : Romilly Cédric
Année de soutenance : 2012
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Fonctions de nouveaux ARN non codant dans la régulation de l'expression des gènes chez Staphylococcus aureus : adaptation à l'environnement et virulence
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From functional study of tRNA CCA-adding enzymes toward their characterization by serial X-ray crystallography
Description : La dernière décennie marque d'importantes évolutions dans le domaine de la biologie structurale, en particulier dans la cristallographie sérielle aux rayons X résolue en temps. L’objectif de cette thèse en cotutelle entre les universités de Strasbourg et de Leipzig, était d’appliquer cette approche ...
Mots clés : Radiocristallographie, ARN de transfert, Complexes multienzymatiques
Auteur : Rollet Kévin
Année de soutenance : 2022
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From functional study of tRNA CCA-adding enzymes toward their characterization by serial X-ray crystallography
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