Pipeline intégratif multidimensionnel d'analyse de données NGS pour l'étude du devenir cellulaire
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 31/12/2016.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 31/12/2016 (communication intranet).
 
Auteur : Mohamed Saleem, Mohamed Ashick
Date de soutenance : 30-11-2015

Directeur(s) de thèse : Gronemeyer, Hinrich

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique et biologie des systèmes
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Informatique

Mots-clés libres : Bioinformatique, Normalisation, Epigénétique, Analyse de données NGS
Mots-clés :
  • Bioinformatique
  • Analyse des données
  • Épigénétique - Bases de données
  • Bases de données génétiques - Dissertations universitaires
Résumé : L'épigénomique pourrait nous aider à mieux comprendre pourquoi différents types cellulaires montrent différents comportements. Puisque, dans le cadre d'études épigénétiques, il peut êtrenécessaire de comparer plusieurs profils de séquençage, il y a un besoin urgent en nouvelles approches et nouveaux outils pour pallier aux variabilités techniques sous-jacentes. Nous avons développé NGS-QC, un système de contrôle qualité qui détermine la qualité de données et Epimetheus, un outil de normalisation d'expériences de modifications d'histones basé sur les quartiles afin de corriger les variations techniques entre les expériences. Enfin, nous avons intégré ces outils dans un pipeline d'analyse allèle-spécifique afin de comprendre le statut épigénétique de XCI dans le cancer du sein où la perte du Xi est fréquent. Notre analyse a dévoilé des perturbations dans le paysage épigénétique du X et des réactivations géniques aberrantes dans le Xi, dont celles associées au développement du cancer.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2015STRAJ072
Type de ressource : Thèse