Alignement-reconstruction simultanée de tomogramme électronique et extraction de volume de ribosome
Langue Français
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Auteur : Rojbani, Hmida
Date de soutenance : 28-11-2016

Directeur(s) de thèse : Ronse, Christian - Bsaïes, Khaled

Établissement de soutenance : Strasbourg - Université de Tunis El-Manar. Faculté des Sciences de Tunis (Tunisie)
Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
École doctorale : École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....)
 
Discipline : Informatique
Classification : Informatique, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Tomographie électronique, Orientations erronées, Optimisation, 3D, Analyse multifractale, Intégration fractionnaire
Mots-clés :
  • Ribosomes - Microbiologie
  • Imagerie tridimensionnelle en biologie
  • Traitement d'images -- Techniques numériques
  • Analyse fractale
  • Microscopie électronique en transmission
Résumé : Ce travail de thèse aborde le problème de l'alignement d'images 2D obtenues en tomographie électronique dans la perspective d'une reconstruction tridimensionnelle et la détection des ribosomes à partir de l'objet reconstruit. Une méthode d'optimisation globale est proposée pour minimiser un coût qui permet d'effectuer l'alignement 3D et la reconstruction de manière conjointe. La thèse traite également le problème de la segmentation des images 3D reconstruites avec une méthode de classification probabiliste. Cependant, la nature des images de cryo-tomographie révèle des problèmes de bruit et de contraste. Deux méthodes de filtrage 3D ont été proposées comme prétraitement du processus de segmentation. La première méthode est basée sur l'intégration fractionnaire. La seconde est basée sur l'analyse multi-fractale. L'institut de recherche biomédicale IGBMC de Strasbourg a fourni les images de projection utilisées dans cette thèse.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2016STRAD045
Type de ressource : Thèse