Motifs de codes circulaires dans les gènes codant les protéines et les ARN ribosomaux
Langue Anglais
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Auteur : Dila, Gopal Krishna
Date de soutenance : 12-11-2020

Directeur(s) de thèse : Michel, Christian

Président : Thompson, Julie
Rapporteur(s) : Bernot, Gilles - Gaspin, Christine
Membre(s) du jury : Poch, Olivier - Timsit, Youri

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
École doctorale : École doctorale Mathématiques, sciences de l'information et de l'ingénieur (Strasbourg ; 1997-....)
 
Discipline : Informatique
Classification : Informatique, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Motifs du code circulaire, Code correcteur d'erreurs, Code génétique standard, L'ARN ribosomique, Cadre de lecture, Gènes codant les protéines, Décalage du cadre, Traduction erreurs
Mots-clés :
  • Codes correcteurs d'erreurs (théorie de l'information)
  • Code génétique
  • ARN ribosomiques
Résumé : La thèse porte sur les motifs du code circulaire X, un code correcteur d'erreurs trouvé dans les gènes, qui ont la capacité de trouver le cadre de lecture. Nous avons étudié la conservation des motifs X dans les gènes de différentes espèces et identifié des pressions sélectives spécifiques pour les maintenir. Nous avons aussi identifié des motifs X universels dans l'ARN ribosomique, situés dans des régions fonctionnelles importantes du ribosome et suggérant que les codes circulaires ont représenté une étape importante dans l'émergence du code génétique standard (SGC). Ensuite, nous avons étudié le rôle fonctionnel des motifs X dans la traduction moderne et identifié une forte corrélation entre l'enrichissement des motifs X et le niveau de traduction des gènes. Enfin, nous avons comparé l'optimalité du code X avec le SGC et d'autres codes circulaires maximaux, et identifié une nouvelle fonctionnalité de X dans la minimisation des effets des erreurs après un décalage du cadre.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2020STRAD027
Type de ressource : Thèse