Développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en protéomique quantitative : le défi de la quantification de protéines présentes à l’état de traces dans des mélanges biologiques d’extrêmes dynamique et complexité
Langue Français
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 01/07/2021.
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Auteur : Pythoud, Nicolas
Date de soutenance : 04-12-2020

Directeur(s) de thèse : Carapito, Christine

Président : Romby, Pascale
Rapporteur(s) : Rogniaux, Hélène - Pineau, Charles
Membre(s) du jury : Carapito, Christine - Romby, Pascale - Rogniaux, Hélène - Pineau, Charles - Rabilloud, Thierry - Bitsch, Francis

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie analytique
Classification : Chimie, minéralogie, cristallographie, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Analyse protéomique quantitative, Spectrométrie de masse, Acquisition indépendante des données (DIA)
Mots-clés :
  • Protéomique - Informatique
  • Spectrométrie de masse
  • Analyse qualitative (chimie)
  • Interactions protéine-protéine
  • Bioinformatique
Résumé : Les stratégies de protéomique quantitative sont très attractives pour l’étude des systèmes biologiques au niveau protéique. Elles peuvent être scindées en trois grandes catégories : les stratégies globales, les stratégies ciblées et les stratégies DIA qui combinent les avantages des deux premières. Ce travail de thèse est axé sur le développement de stratégies analytiques et bioinformatiques en protéomique quantitative, afin d’améliorer la quantification de protéines présentes à l’état de traces. La première partie de mon travail a consisté à optimiser différentes étapes du protocole analytique en me concentrant tout particulièrement sur le mode d’acquisition DIA et le traitement de ces données complexes. Par la suite, différentes méthodes de quantification ont été éprouvées dans plusieurs contextes biologiques afin de répondre au mieux aux problématiques posées. Enfin, différentes stratégies analytiques ont été développées pour étudier les interactions protéine-protéine, afin de mieux appréhender certains processus biologiques, à savoir la biogénèse du ribosome et la régulation des ARNm.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2020STRAF039
Type de ressource : Thèse