Recherche de nouvelles enzymes par criblage fonctionnel à ultra-haut débit
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 31/12/2023.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur : embargo illimité (communication intranet).
 
Auteur : Geersens, Émilie
Date de soutenance : 03-02-2022

Directeur(s) de thèse : Ryckelynck, Michaël - Vuilleumier, Stéphane

Président : Charvin, Gilles
Rapporteur(s) : Griffiths, Andrew D. - Barthelmebs, Lise
Membre(s) du jury : Calusinska, Magdalena

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Microfluidique en goutelettes, Cellule unique, Criblage fonctionnel, Déhalogénation, Microbiologie digitale
Mots-clés :
  • Criblage pharmacologique
  • Cinétique enzymatique
  • Microfluidique
Résumé : L'étude de l'énorme réservoir encore peu exploité d’activités enzymatiques que représente la biosphère microbienne dans toute sa diversité requiert aujourd'hui de nouvelles techniques à haut- débit qui puissent autant que possible s’affranchir des contraintes liées à la culture. Le but principal de mon travail de thèse a été la mise en place, l’optimisation et l’application d’une stratégie de criblage fonctionnel s’appuyant sur la microfluidique en gouttelettes compatible avec une résolution à la cellule unique, pour l’identification de nouveaux catalyseurs enzymatiques sans utiliser d'informations de séquence ADN au préalable. L’activité de déshalogénation choisie comme cible présente un fort potentiel d’application tant industriel qu’environnemental. Deux approches complémentaires ont ainsi été mises en place, l’une permettant la détection d’un signal fluorescent sans étape de croissance bactérienne préalable, et l'autre, dite clonale, permettant l’amélioration du signal par prolifération cellulaire au sein des gouttelettes après individualisation des cellules de l'échantillon étudié. Ces travaux ont mis en lumière un phénomène de réduction de taille des gouttes suite à la croissance qui ouvre la voie au développement d'approches de microbiologie digitale à haut-débit et de nature à éviter certains biais expérimentaux inhérents à la microbiologie classique, notamment dans la caractérisation de populations minoritaires ou à faible taux de croissance au sein d'échantillons complexes.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2022STRAJ046
Type de ressource : Thèse