Structure, diversité et dynamique des communautés microbiennes impliquées dans la fermentation du kombucha
Langue Français
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Auteur : Ben Saâd, Emna
Date de soutenance : 16-12-2022

Directeur(s) de thèse : Schacherer, Joseph - Bleykasten, Claudine

Président : Keyser, Christine
Rapporteur(s) : Albertin, Warren - Legras, Jean-Luc
Membre(s) du jury : Fairhead, Cécile

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Génétique moléculaire, génomique et microbiologie (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Génie chimique, technologies alimentaires

Mots-clés libres : Fermentation, Kombucha, Métagénomique, Diversité taxonomique, SCOBY, Microbiologie
Mots-clés :
  • Fermentation
  • Kombucha
  • Métagénomique
Résumé : Elucider les interactions entre les espèces d’une niche écologique est une thématique majeure en biologie. Grâce aux avancées technologiques des méthodes de séquençage haut débit, cette thématique connait un essor considérable dans le contexte des communautés microbiennes. Elles permettent d’identifier les taxons présents, de connaitre leurs abondances et de mesurer l’impact des conditions environnementales, avec une très grande précision. Les communautés microbiennes appelées SCOBY (Symbiotic Culture of Bacteria and Yeast) ont représenté les modèles d’étude de ma thèse. Ces communautés de levures et de bactéries, dispersées entre une phase liquide et un biofilm de cellulose bactérienne, permettent d’élaborer le kombucha, une boisson fermentée ancestrale, pétillante et acidulée. Dans un premier temps, la caractérisation par métabarcoding d’une collection de 18 SCOBY d’origines variées a constitué une ressource pour décrire la diversité taxonomique de ces communautés. Dans un second temps, des séries temporelles, au laboratoire et en brasserie, ont permis de caractériser leur stabilité au cours des fermentations successives.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2022STRAJ116
Type de ressource : Thèse