Étude de la structure de la région 5’ terminale de l’ARN génomique du virus de l’immunodéficience humaine de type 1 et des réarrangements induits par Gag et ses produits de maturation
Langue Français
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 01/12/2023.
  • Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 01/12/2023 (communication intranet).
 
Auteur : Gilmer, Orian
Date de soutenance : 30-11-2022

Directeur(s) de thèse : Vivet-Boudou, Valérie

Président : Friant, Sylvie
Rapporteur(s) : Rocquigny, Hugues de - Sargueil, Bruno

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Architecture et réactivité de l'ARN (Strasbourg ; 1992-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : VIH-1, ARNg, Pr55Gag, Cartographie chimique, Structure ARN, Interaction ARN-protéine
Mots-clés :
  • Interactions ARN-protéine
  • Protéines virales
  • Infections à VIH - Aspect moléculaire
  • ARN viral
Résumé : La région 5’ terminale de l’ARN génomique (ARNg) du virus l’immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) régule de nombreuses étapes du cycle viral via les structures complexes qu’elle adopte. Lors des étapes tardives, un dimère d’ARNg est spécifiquement sélectionné par des protéines Pr55Gag pour être encapsidé dans les particules virales. Ces particules subissent une maturation protéolytique et génomique qui permet l’acquisition de l’infectivité virale. Cependant, les structures tridimensionnelles adoptées par l’ARNg et le déroulement de la maturation au niveau génomique restent majoritairement inexplorées à ce jour. Lors de ma thèse, j’ai étudié l’impact de différentes protéines, impliquées dans l’étape de maturation et contenant le domaine de nucléocapside, sur la structure de la région 5’ de l’ARNg. Cette étude a été réalisée par une approche de cartographie chimique hSHAPE, in vitro et elle m’a permis d’identifier des réarrangements structuraux induits par la fixation des protéines. J’ai également développé une approche de cartographie chimique multidimensionnelle, le MOHCA-seq, afin de mettre en évidence les repliements à longue distance structurant l’ARNg du VIH-1. Cette approche a requis de nombreuses optimisations qui m’ont finalement permis de l’appliquer à l’étude de la région 5’ terminale de l’ARNg du VIH-1.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2022STRAJ126
Type de ressource : Thèse