AquADN : l’ADN environnemental comme descripteur des plantes aquatiques et indicateur environnemental
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 16/11/2024.
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Auteur : Espinosa-Prieto, Armando
Date de soutenance : 16-11-2023

Directeur(s) de thèse : Beisel, Jean-Nicolas

Président : Bernier, François
Rapporteur(s) : Coissac, Éric - Leese, Florian
Membre(s) du jury : Hardion, Laurent - Meglécz, Emese

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Laboratoire image, ville et environnement (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la Terre et Environnement (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Sciences de la Terre et de l'Environnement
Classification : Plantes. Botanique, Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : ADN environnemental, Plantes aquatiques, Metabarcoding, Milieux lotiques, Marqueur, Amorces, ITS, RbcL, TrnL
Mots-clés :
  • ADN environnemental
  • Plantes aquatiques
  • Métabarcoding
  • Marqueurs génétiques
Résumé : L'utilisation des méthodes ADN environnemental (ADNe) pour l’identification des macro-organismes a connu un grand essor ouvrant de nouvelles perspectives en permettant l’identification d’espèces à partir de différentes matrices environnementales. Le metabarcoding, permettant la détection simultanée d’espèces dans un même échantillon, trouve des applications croissantes en écologie pour le suivie des communautés animales et végétales. Cependant, son utilisation dans l’étude des plantes reste limitée en raison de verrous méthodologiques importants détaillés dans ce travail de thèse. D’abord, nous relevons un des principaux obstacles : le choix des marqueurs génétiques et d’amorces. A partir des résultats dégagés nous réalisons une étude comparative entre des relevés de terrain et l’approche metabarcoding multi-marqueur dans des rivières de tête de bassin. Dans une preuve de concept, le metabarcoding est ensuite utilisé pour identifier la végétation composant le socio-hydrosystème Rhénan entre Bâle et Strasbourg. Enfin, nous discutons de l’intégration de ces éléments dans les futurs développements de la méthode.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2023STRAH005
Type de ressource : Thèse