Panorama de protéomes avec ProFeatMap : une expédition visuelle des interactions, de l’architecture, de l’évolution et des erreurs d’annotation des protéines
Langue Anglais
Accéder au document

Ce document est protégé en vertu du Code de la Propriété Intellectuelle.

Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse consultable sur internet, en texte intégral.
  • Thèse avec 2 versions : seule la version intégrale est proposée ; sur authentification (communication intranet).
 
Auteur : Bich, Goran
Date de soutenance : 14-12-2023

Directeur(s) de thèse : Travé, Gilles - Nominé, Yves

Président : Thompson, Julie
Rapporteur(s) : Luck, Katja
Membre(s) du jury : Davey, Norman - Ivarsson, Ylva

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique et biologie des systèmes
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Architecture des protéines, Visualisation, Data mining, Domaines, Repeats
Mots-clés :
  • Protéome
  • Protéomique
  • Bioinformatique
Résumé : Avec l'importance croissante des technologies omiques au cours des dernières décennies, et la quantité toujours plus grande de données disponibles sur les protéines, la nécessité d'outils d'exploration globale émerge. Dans cette thèse, j'ai introduit de nouvelles approches pour la représentation des données, conduisant à la génération de nouvelles connaissances à partir de bases de données existantes. Basé sur l'expérience du traitement des données d'interaction, j'ai proposé de multiples représentations alternatives à celle utilisée classiquement par notre équipe. Ma principale contribution dans cette thèse a été le développement de ProFeatMap, un site web librement accessible et un programme opensource qui aidera les chercheurs à identifier des points d'intérêt encore inconnus dans leurs projets et fournira des outils pour les étudier. En outre, j'ai initié la création de panoramas, une collection de cartes synthétiques en 2D qui représentent les familles domaines et de repeats les plus récurrentes à travers les organismes. J'ai également introduit le concept de cartes miroir conçues pour faciliter les comparaisons visuelles entre plusieurs organismes. Enfin, j'ai proposé plusieurs méthodes qui intègrent ProFeatMap et des outils externes pour identifier les annotations manquantes et rectifier les annotations existantes.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2023STRAJ149
Type de ressource : Thèse