Des interactions moléculaires médiées par les lipides à une activité antimicrobienne synergique : une étude des peptides amphipathiques PGLa et Mag2 par spectroscopie RMN et simulations de dynamique moléculaire in silico
Langue Anglais
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Auteur : Gebus, Adrien
Date de soutenance : 22-04-2024

Directeur(s) de thèse : Bechinger, Burkhard

Président : D'Amelio, Nicola
Rapporteur(s) : Sizun, Christina - Dauchez, Manuel
Membre(s) du jury : Potier, Noëlle

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de chimie (Strasbourg ; 2005-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie biologique et thérapeutique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : Peptide antimicrobien, RMN, MD, Structure, Dynamique, Interaction membranaire, Modélisation, Hélice amphipathique
Mots-clés :
  • Peptides antimicrobiens
  • Résonance magnétique nucléaire
  • Dynamique
Résumé : PGLa et magainin 2 sont deux peptides amphiphiles, avec une activité antimicrobienne synergique. Nous avons étudié la structure et la dynamique de ces peptides, ainsi que leurs interactions avec les membranes. Par spectroscopie RMN en phase solide et liquide nous avons obtenu des informations sur la structure de PGLa dans un environnement hydrophobe.Un modèle 3D de PGLa en micelles a été construit, et différentes populations de PGLa en bicouche lipidique on été identifiées. Des simulations de MD ont permis d'étudier l'interaction de PGLa et magainin 2 entre eux et avec avec la membrane. Nous en avons déduis un mode de recrutement de ces peptides, et une forme d’interaction avec elle, en « clusters ». Nous avons aussi trouvé un modèle d’insertion de ces peptides dans la membrane : le « flip », et montré le rôle des lysines de PGLa pour toutes ces actions, et nous avons muté ces résidus en arginine pour comparer d’un point de vue structural, dynamique et antimicrobien.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2024STRAF017
Type de ressource : Thèse