Modélisation moléculaire du récepteur aux chimiokines C-C de type 2 et recherche de modulateurs de sa dimérisation
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 13/12/2025.
 
Auteur : Urvas, Lauri
Date de soutenance : 13-12-2024

Directeur(s) de thèse : Kellenberger, Esther

Président : Camproux, Anne-Claude
Rapporteur(s) : Camproux, Anne-Claude - Acher, Francine
Membre(s) du jury : Gies, Vincent - Deupi, Xavier

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Laboratoire d'innovation thérapeutique (Strasbourg ; 2009-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie informatique et théorique
Classification : Chimie, minéralogie, cristallographie

Mots-clés libres : RCPG, Récepteurs de chimiokines, CCR2, Dimérisation, Bioinformatique structurale, Chémoinformatique, Dynamique moléculaire, Docking moléculaire, Apprentissage automatique
Mots-clés :
  • Récepteurs couplés aux protéines G
  • Récepteurs CXCR4
  • Dimérisation
  • Bioinformatique structurale
  • Chimie -- Informatique
  • Dynamique moléculaire
  • Simulation de docking moléculaire
  • Apprentissage automatique
Résumé : Le système des chimiokines joue un rôle clé dans les maladies inflammatoires, mais le développement de médicaments ciblant ce système a connu un succès limité, nécessitant davantage de recherches pour mieux en saisir la complexité. Dans cette thèse, nous abordons cette question sous deux perspectives structurales distinctes : (1) Nous avons comparé toutes les structures expérimentales de complexes chimiokine-récepteur pour caractériser les interactions ligand-récepteur et mettre en lumière les mécanismes d'activation. Nous avons aussi évalué la capacité d'AlphaFold-Multimer, un logiciel d'IA, à prédire ces structures. (2) Dans un projet collaboratif, nous nous avons modélisé le CCR2, impliqué dans le trafic des monocytes, sous forme d'homodimères et d'hétérodimères avec le CCR5, via la modélisation par homologie, la dynamique moléculaire et l’IA. Nous avons ensuite prédit la liaison des « petits » ligands connus du CCR2, proposant un pharmacophore, et développé un criblage virtuel de chimiothèque pour identifier des modulateurs de sa dimérisation.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2024STRAF062
Type de ressource : Thèse