Étude du mode d’action de l'endoribonucléase DNE1 et de son influence sur le transcriptome chez Arabidopsis thaliana
Langue Français
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Auteur : Pouclet, Aude
Date de soutenance : 15-10-2024

Directeur(s) de thèse : Garcia, Damien

Président : Lagrange, Thierry
Rapporteur(s) : Lagrange, Thierry - Brodersen, Peter
Membre(s) du jury : Jullien, Pauline - Weil, Dominique

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Plantes. Botanique

Mots-clés libres : Dégradation des ARN, Endoribonucléase, DNE1, Décoiffage, DCP1, Séquençage à haut débit, Étude des cibles, Partenaire protéique, Arabidopsis thaliana
Mots-clés :
  • ARN - Détérioration
  • Arabidopsis thaliana - Cytogénétique
  • Ribonucléases
Résumé : La dégradation des ARN est un mécanisme majeur dans la régulation de l’expression des gènes et essentiel pour les transitions développementales et la réponse au stress. Dans ce processus, le décoiffage, catalysé par le complexe de décoiffage composé de l’enzyme DCP2 et de ses partenaires protéiques DCP1 et VCS, est crucial. Au cours de ma thèse, j’ai étudié l’endoribonucléase DNE1(DCP1-ASSOCIATED NYN ENDORIBONUCLEASE 1) qui interagit avec les activateurs du décoiffage DCP1 et VCS. La fonction de DNE1 et du décoiffage est nécessaire pour la régularité de l’émergence des fleurs au niveau du méristème apical. Lors de ma thèse, j’ai dans un premier temps mis en place quatre approches transcriptomiques afin d’identifier des ARNm ciblés par DNE1 et étudier son importance dans la régulation de l’expression des gènes. Cette étude montre que DNE1 entre en contact avec les ARNm et les clive principalement dans la séquence codante. J’ai identifié que les cibles de DNE1 sont enrichies pour certaines caractéristiques, incluant des quadruplexes de G et des upstreamORF traduites. Cette étude montre aussi que les cibles de DNE1 sont ciblées par le décoiffage et que ces deux voies de dégradation influencent la production de petits ARN. Dans un deuxième temps, j’ai caractérisé l’importance des domaines de DNE1 dans sa localisation ainsi que dans son interaction avec DCP1. Ce travail constitue une avancée majeure dans la compréhension du mode d’action et de la spécificité de DNE1 dans la dégradation des ARNm chez les plantes.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2024STRAJ050
Type de ressource : Thèse