Assemblage du génome géant de l’écrevisse noble et évolution des génomes de décapodes
Langue Anglais
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Modalités de diffusion de la thèse :
  • Thèse confidentielle jusqu'au 31/12/2025.
  • Thèse avec 2 versions : seule la version intégrale est proposée ; sur authentification (communication intranet).
 
Auteur : Rutz, Christelle
Date de soutenance : 18-12-2024

Directeur(s) de thèse : Lecompte, Odile - Theissinger, Kathrin

Président : Rivals, Éric
Rapporteur(s) : Panaud, Olivier - Flot, Jean-François
Membre(s) du jury : Friedrich, Anne - Pauls, Steffen

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (Strasbourg ; 2013-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Génétique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Animaux. Zoologie

Mots-clés libres : Génomique de la conservation, Écosystèmes d'eau douce, Éléments répétés, Génomique comparative
Mots-clés :
  • Écrevisses - Conservation des ressources
  • Génome
  • Écologie d'eau douce
Résumé : Les écrevisses sont des crustacés décapodes jouant un rôle déterminant dans les écosystèmes d’eau douce mais beaucoup d’espèces européennes, en particulier l’écrevisse noble Astacus astacus, sont menacées par la peste de l’écrevisse. J’ai relevé le défi de l’assemblage du génome géant d’A. astacus (17 Gb) et obtenu un génome préliminaire de 21,8 Gb. Ce premier génome d’écrevisse européenne est l’un des plus grands génomes d’invertébrés disponibles. J’ai également exploré l’évolution des génomes de décapodes. J’ai pu montrer la contribution centrale des éléments répétés à l’expansion et la diversification des génomes de décapodes. La comparaison des protéomes a mis en évidence un core-proteome de 7 000 protéines et la diversité des histoires évolutives de leurs gènes. Mes travaux ouvrent la voie au séquençage et à la comparaison de nouveaux génomes d’écrevisses pour identifier des marqueurs de résistance à la peste et soutenir des stratégies de réintroduction et d’aquaculture durable.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2024STRAJ077
Type de ressource : Thèse