Développement et mise en oeuvre d’un outil de concentration et de quantification de SARS-CoV-2 dans les eaux usées de stations d’épuration
Langue Français
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Auteur : El Soufi, Ghina
Date de soutenance : 04-07-2025

Directeur(s) de thèse : Villain, Maud - Rohr, Olivier

Président : Roques, Pierre
Rapporteur(s) : Roques, Pierre - Dagot, Christophe
Membre(s) du jury : Burvingt, Florence - Wallet, Clémentine

Établissement de soutenance : Strasbourg
Laboratoire : Institut pluridisciplinaire Hubert Curien (Strasbourg ; 2006-....)
École doctorale : École doctorale des Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Génie des procédés, chimie bioogique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Génie chimique, technologies alimentaires

Mots-clés libres : Épidémiologie environnementale, SARS-CoV-2, Ultrafiltration sur membrane, Séquençage, Comportement des virus, Paramètres physico-chimiques des eaux usées
Mots-clés :
  • SARS-CoV-2 (virus)
  • Épidémiologie
  • Ultrafiltration
  • Séquençage de l'ARN
  • Virus
Résumé : Ce manuscrit présente les travaux réalisés pour développer et optimiser une méthode de concentration virale par ultrafiltration sur membrane, adaptée au traitement de grands volumes d’eaux usées, en réponse aux besoin croissant de l’épidémiologie basée sur les eaux usées. Dans un premier temps, la méthode a été évaluée en termes d’efficacité d’enrichissement, de sensibilité, de répétabilité et de compatibilité avec le séquençage. Elle a permis une quantification fiable et sensible par RT-qPCR et RT-dPCR, ainsi qu’un séquençage de haute qualité du génome complet du SARS-CoV-2, avec une couverture dépassant 90 %. Les rendements de concentration varient selon les échantillons et le type de virus analysé. Une étude complémentaire a donc été menée afin d’optimiser cette méthode en explorant le comportement des virus dans les eaux usées, notamment leur distribution entre les fractions solide et liquide ainsi que l’influence des paramètres physico-chimiques sur les rendements de concentration.
 
Type de contenu : Text
Format : PDF
 
Entrepôt d'origine : STAR : dépôt national des thèses électroniques françaises
Identifiant : 2025STRAF020
Type de ressource : Thèse