Analyse du cytosquelette par des approches bioinformatiques à haut débit de génomique comparative et de transcriptomique

Langue Français
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Auteur : Muller, Jean
Date de soutenance : 29-11-2006

Directeur(s) de thèse : Poch, Olivier - Friederich, Evelyne


Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : cytosquelette , génomique comparative , analyse de séquence , syndrome de Bardet-Biedl , transcriptomique , puces à ADN
Mots-clés :
  • Bioinformatique - Thèses et écrits académiques
  • Cytosquelette - Thèses et écrits académiques
  • Laurence-Moon-Biedl, Syndrome de - Thèses et écrits académiques
  • Génétique - Thèses et écrits académiques
  • Phylogénie - Thèses et écrits académiques
Résumé : Le travail présenté dans cette thèse concerne l'étude du cytosquelette par des techniques de bioinformatique et de biologie à haut débit. Il décrit également le développement de plusieurs outils, à même de traiter un système aussi complexe que le cytosquelette.La première partie concerne la génomique comparative et plus particulièrement la méthode des profils phylogénétiques. Un outil, ComIcs, a été implémenté et le calcul en automatique des profils phylogénétiques de l'ensemble des gènes du cytosquelette dans 41 organismes eucaryotes a été effectué. Leur analyse a révélé des problèmes majeurs liés aux familles de protéines très conservées au cours de l'évolution et à la couverture imparfaite des protéomes de certains organismes. Certains de ses problèmes ont été adressés par l'étude de la famille des actines et des Actin-Related Proteins, dont la caractérisation profonde a permis le développement d'ARPAnno, un serveur d'annotation et d'identification des séquences proches de l'actine.Dans le cadre d'une collaboration avec le laboratoire de Diagnostique Médical, l'application de cette approche a permis d'identifier, BBS10 et BBS12, deux nouveaux gènes majeurs responsables du syndrome de Bardet Biedl. La seconde partie aborde la transcriptomique et décrit le développement d'Actichip, une puce à oligonucléotide dédiée aux gènes du cytosquelette. Cet outil d'analyse intégrée du cytosquelette a nécessité le développement de CADO4MI, un logiciel de sélection de sondes spécifiques. La stratégie de validation des sondes spécifiques ainsi qu une première application d'Actichip sont présentées dans cette partie.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-291357
Type de ressource : Thèse