Micropuces à petites molécules : nouvel outil protéomique pour profiler l'activité enzymatique
Langue Français
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Auteur : Debaene, François
Date de soutenance : 10-02-2007
Directeur(s) de thèse : Winssinger, Nicolas
Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
Discipline : Chimie organique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie
Mots-clés libres : Protéomique
Mots-clés :
- Protéomique
- Thèses et écrits académiques
- Nucléoprotéines
- Thèses et écrits académiques
- Acides nucléiques peptidiques
- Thèses et écrits académiques
- Filtres à protéines
- Thèses et écrits académiques
- Biopuces
- Thèses et écrits académiques
- Enzymes
- Thèses et écrits académiques
- Antienzymes
- Thèses et écrits académiques
Résumé : Les micropuces sont devenues incontournables pour la recherche post-génomique en permettant de cribler plusieurs milliers de composés dans quelques microlitres. Plusieurs stratégies ont été développées pour immobiliser sur ce format des petites molécules ou des anticorps pour la recherche de médicaments ou comme diagnostique. L'encodage de chimiothèque de petites molécules par des Peptid Nucleic Acid (PNA), possible par synthèse combinatoire (split and mix), permet d'organiser des micropuces par auto-assemblage des sondes sur ce support et de cribler ainsi l'activité enzymatique sans a priori à partir de mélange complexe tel que des lysats cellulaire. Nous avons développé la chimie peptidique et des PNA pour synthétiser et cribler 3 générations de chimiothèques d'inhibiteurs encodé par des PNA. Ces chimiothèques présentent 625 ou 4000 inhibiteurs basés sur le mécanisme d'action de protéases, étiqueté par une séquence unique de PNA encodant la structure d'un inhibiteur tetrapeptidiques ainsi que sa localisation spécifique sur une micropuce. De gros efforts portés sur l'optimisation du dépôt sur micropuce, la détection du signal et les conditions d'hybridation ont rendu cette stratégie suffisamment sensible et spécifique pour quantifier l'activité enzymatique et pour identifier des spécificités de substrats. Cette technique a été utilisée pour profiler l'activité enzymatique d'extrait allergisant d'acariens et pour détecter des spécificités de substrats d'enzymes purifiés. Les inhibiteurs identifiés sont assez spécifique pour distinguer l'activité d'enzymes proches d'une même famille et les enzymes cibles de ces inhibiteurs peuvent être identifiés par colonne d'affinité couplé à la spectrométrie de masse. De plus, les inhibiteurs identifiés permettent de bloquer l'activité d'un enzyme et d'évaluer sa relation avec un phénotype. Cette stratégie est actuellement la seule méthode fonctionnelle miniaturisée permettant de profiler l'activité enzymatique avec des inhibiteurs.
Entrepôt d'origine : 
Identifiant : ecrin-ori-293335
Type de ressource : Thèse
