Graphes condensés de réactions, applications à la recherche par similarité, la classification et la modélisation
Langue Français
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Auteur : Hoonakker, Frank
Date de soutenance : 07-03-2008

Directeur(s) de thèse : Varnek, Alexandre


Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences chimiques (Strasbourg ; 1995-....)
 
Discipline : Chimie informatique et théorique
Classification : Mathématiques, Chimie, minéralogie, cristallographie

Mots-clés libres : recherche de réaction par similarité , classification de réactions , modèle structure-réactivité , QSRR
Mots-clés :
  • Chimie - Thèses et écrits académiques
  • Chimie - Thèses et écrits académiques
  • Réactions chimiques - Thèses et écrits académiques
Résumé : Ce travail est consacré au développement de nouvelles méthodes de fouille de données dans le domaine des réactions en utilisant le concept de Graphe Condensé de Réaction (CGR). Le CGR est un graphe en 2D qui condense l'information contenue dans les réactifs et les produits d'une réaction. Grâce à la présence des liaisons conventionnelles (simples, doubles, etc.) et dynamiques (coupure d'une liaison simple, transformation d'une double en simple etc.), le CGR permet de condenser une réaction (incluant plusieurs molécules) en une pseudo-molécule. Ainsi, le CGR permettra d'appliquer des approches de chemoinformatique déjà développées pour les molécules. Trois applications possibles des CGRs ont été exploréees : la classification non supervisée des réactions basées sur des algorithmes de clustering, la recherche de réactions par similarité, la modélisation structure-réactivité (QSRR, Quantitative Structure Reactivity Relationships). Ces méthodes, testées sur quatre bases de données contenant entre 1 000 et 200 000 réactions, ont démontré l'efficacité de l'approche et des logiciels développés. Un système d'optimisation de conditions réactionnelles a ainsi été implémenté et un brevet a été déposé aux États-Unis.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-299199
Type de ressource : Thèse