Génomique fonctionnelle de la dégradation microbienne du chlorométhane
Langue Français
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Auteur : Roselli, Sandro
Date de soutenance : 15-12-2009

Directeur(s) de thèse : Vuilleumier, Stéphane - Bringel, Françoise


Établissement de soutenance : Université de Strasbourg
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie

Mots-clés libres : bactéries méthylotrophes , chlorométhane , génomique fonctionnelle , gènes cmu , cobalamine , phyllosphère
Mots-clés :
  • Chlorométhane - Thèses et écrits académiques
  • Bactéries méthylotrophes - Thèses et écrits académiques
  • Cyanocobalamine - Thèses et écrits académiques
  • Phyllosphère - Thèses et écrits académiques
Résumé : Le chlorométhane (CH3Cl) est un composé organique volatil essentiellement produit naturellement et responsable de 15% de la dégradation de l'ozone stratosphérique due aux composés halogénés. L'estimation du budget global du CH3Cl est incertaine et sous-estime l'importance des émissions végétales et de sa dégradation par les microorganismes.Cette thèse a eu pour but de développer la compréhension des bases moléculaires de la dégradation bactérienne du CH3Cl, avec aussi comme perspective la valorisation des ressources génétiques de l'environnement pour la dépollution. Une approche combinant génomique comparative et fonctionnelle a été développée pour étudier l'adaptation au CH3Cl chez Methylobacterium extorquens CM4, bactérie aérobie pour laquelle une voie d'utilisation du CH3Cl a été identifiée et dont le génome a été séquencé au Genoscope.L'analyse du génome de CM4 a révélé l'existence d'un plasmide de 380 kb porteur des gènes connus de la voie d'utilisation du CH3Cl et de la biosynthèse de la cobalamine et du tétrahydrofolate, les deux cofacteurs essentiels à cette voie.L'analyse différentielle du protéome de CM4 cultivé en présence et en absence de CH3Cl a confirmé la voie d'utilisation précédemment proposée, et permis d'identifier de nouvelles protéines associées au métabolisme du CH3Cl.Un dernier volet du travail a été l'étude de la diversité des bactéries CH3Cl-dégradantes associées aux plantes. Trois souches CH3Cl-dégradantes de la phyllosphère ont été isolées à partir de feuilles d'Arabidopsis thaliana, une plante connue pour émettre du CH3Cl. Les résultats de ce travail serviront de base aux études futures de la dégradation bactérienne du chlorométhane.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-307107
Type de ressource : Thèse