De la mutation structurale aux phénotypes des pathologies animales : vers une approche intégrative des mutations et de leurs conséquences
Langue Français
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Auteur : Friedrich, Anne
Date de soutenance : 21-12-2007

Directeur(s) de thèse : Poch, Olivier


Établissement de soutenance : Université Louis Pasteur (Strasbourg)
École doctorale : École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....)
 
Discipline : Bioinformatique
Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie, Médecine et santé

Mots-clés libres : Maladies héréditaires
Mots-clés :
  • Maladies héréditaires - Thèses et écrits académiques
  • Mutation (biologie) - Thèses et écrits académiques
  • Bioinformatique - Thèses et écrits académiques
  • Génétique médicale - Thèses et écrits académiques
  • Phénotype - Thèses et écrits académiques
  • Génotype - Thèses et écrits académiques
  • Génétique quantitative - Thèses et écrits académiques
Résumé : Le travail présenté dans cette thèse concerne l'étude, par des approches bioinformatiques à haut débit, des relations qui lient le phénotype d'un individu à son génotype, dans le cadre du projet MS2PH ( de la Mutation Structurale aux Phénotypes des Pathologies Humaines ). Nous nous sommes tout d'abord concentrés sur la caractérisation des mutations dans un contexte évolutif et avons développé une stratégie optimale de construction d'alignements multiples de séquences protéiques dédiés aux analyses structurales. Puis, la caractérisation des mutations dans un contexte fonctionnel et structural a été abordée en déployant un serveur Web, MAGOS, réunissant les informations de séquence, structure, fonction et évolution relatives à une protéine d'intérêt. Enfin, nous nous sommes appuyés sur les capacités intégratives de MAGOS, ainsi que sur la puissance de la grille de calcul universitaire Décrypthon (www.decrypthon.fr) pour développer MS2PH-db, une banque de données dédiée aux protéines impliquées dans les maladies monogéniques humaines, qui intègre de plus des données cliniques (mutations et phénotypes associés). Les règles d'association de base entre séquence, mutations, impacts structuraux et phénotypes cliniques associés sont finalement discutées, en se basant sur l'étude de deux protéines dont la relation génotype/phénotype est en partie élucidée. Ces études ouvrent la voie vers la mise en place d'un système générique de prédiction du lien entre mutation et phénotype clinique.
 
Type de contenu : Text
 
Entrepôt d'origine : Ressource locale
Identifiant : ecrin-ori-294315
Type de ressource : Thèse